当与公司发生纠纷后，发现公司已经注销，您仍然可以通过法律途径维护自己的权益，但具体处理方式需根据纠纷的性质、公司注销的具体情况以及相关法律法规来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、公司注销后的责任主体认定
未依法清算的责任
- 如果公司在注销前未依法进行清算，如未通知已知债权人、未清理公司财产或未清偿债务，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十九条，公司的股东、董事、控股股东及实际控制人等可能需对公司注销后的债务承担连带清偿责任。
- 应对策略：作为债权人，您应收集公司未清算的证据，如未收到清算通知的证明、公司财产未清理的证据等，向法院提起诉讼，要求相关责任人承担连带责任。
清算后遗留债务的责任
- 公司清算后若有遗留债务，且公司财产已分配完毕，可根据清算报告和股东承诺确定责任主体。若清算报告中声明债务已清偿但实际存在未清偿债务，签字确认的股东可能需承担责任。
- 应对策略：您可以要求股东以其在公司剩余财产分配中取得的财产为限对遗留债务承担清偿责任，并收集清算报告、股东承诺等证据支持自己的主张。
合同纠纷的责任
- 公司注销后，其合同主体资格消灭。但注销前签订的合同仍在履行中或产生纠纷时，需根据具体情况确定责任主体。若公司因合并或分立注销，由合并或分立后的公司承继权利义务；若无权利义务承继主体，则依据未依法清算或清算后遗留债务的规定确定责任主体。
- 应对策略：作为合同相对方，您需确定公司注销原因及是否有权利义务承继主体，然后向相应责任主体主张权利，并收集合同、履行情况等证据。
二、公司注销后纠纷的处理途径
协商
- 双方可以友好协商解决纠纷，这种方式快速灵活且成本低。您可以尝试与公司原股东或相关责任人进行沟通，寻求和解方案。
调解
- 请求第三方机构（如行业协会、商会或人民调解委员会）进行调解，寻求双方都能接受的解决方案。调解结果具有约束力，且可以避免长时间的法律诉讼。
仲裁
- 如果合同中有仲裁条款或事后达成了仲裁协议，您可以向仲裁机构申请仲裁。仲裁结果具有法律约束力，且仲裁程序相对简便快捷。
诉讼
- 当其他方式无法解决纠纷时，您可以选择将纠纷起诉到法院。对于公司注销后的合同纠纷，您应起诉公司的原股东或相关责任人，并收集充分证据支持自己的主张。
三、特殊注意事项
公告期与债权人保护
- 如果公司注销时未依法履行公告程序或未通知债权人，您作为债权人可以在法定期限内向法院主张撤销注销登记，恢复公司主体资格后再维权；或在法定期限内向作出注销决定的机构主张权利。
非基于公司主体的纠纷
- 如侵权纠纷等，您可以以原公司股东、实际控制人为被告提起诉讼，要求其承担法律责任。在这种情况下，您需要收集侵权行为的证据以及股东、实际控制人与侵权行为之间的关联证据。
四、建议与行动步骤
收集证据
- 无论采取哪种处理途径，您都需要收集充分证据支持自己的主张。证据可以包括合同、往来函件、财务凭证、清算报告、股东承诺等。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：有问题直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
- 在处理公司注销后的纠纷时，涉及复杂的法律问题和程序。您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
及时行动
- 纠纷解决有时效性要求，您应及时采取行动维护自己的权益。不要因为公司注销而放弃追索权利，法律仍然为您提供了一定的救济途径。
总结来说，当与公司发生纠纷后发现公司已经注销时，您仍然可以通过法律途径维护自己的权益。具体处理方式需根据纠纷的性质、公司注销的具体情况以及相关法律法规来确定。我建议您收集充分证据并咨询专业律师（即向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。