案件撤诉后是否会有案底，主要取决于案件的性质、撤诉的阶段以及撤诉的具体原因。以下是对这一问题的详细分析：
一、不构成犯罪的撤诉
侦查阶段撤诉：
- 在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。
审查起诉阶段撤诉：
- 检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，不过这种记录并不等同于犯罪案底。
二、构成犯罪但特殊情况撤诉
- 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
三、检察院撤诉的具体情形与影响
因证据不足撤诉：
- 检察院可能补充侦查后重新起诉。若最终未被法院判定有罪，则无案底；若后续补充证据并被法院判定有罪，则会留下案底。
其他正当理由撤诉：
- 如情节轻微、犯罪嫌疑人有自首立功等法定从轻情节且检察院认为不需要判处刑罚而撤诉，通常不被认定有罪，无案底。但特殊情况下，如撤诉后发现新犯罪事实并再次被法院判定有罪，则会有案底。
四、其他注意事项
- 行政处罚记录：即使案件撤诉没有犯罪记录，但在案件办理过程中，若发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响。
- 后续法律责任：撤诉并不意味着所有法律问题的终结。如果涉及到财务纠纷或者人身伤害等民事责任，当事人仍然可以通过民事诉讼等途径寻求法律救济。
五、法律依据
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条：有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
总结来说，案件撤诉后是否会有案底，需根据具体情况判断。若因不构成犯罪而撤诉，则通常不会留下案底；若构成犯罪但因特殊原因撤诉，则可能留下相关记录或影响。在任何情况下，都建议当事人关注案件的后续发展及可能产生的法律后果，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。