铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷是可以约定管辖的，但这一约定需满足一定的条件。以下是对这一问题的详细分析：

一、约定管辖的法律依据

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。这一条款为运输合同纠纷中的约定管辖提供了明确的法律依据。

二、约定管辖的具体应用

1. 运输合同中的管辖条款：在签订铁路、公路、水上、航空运输或联合运输合同时，双方可以在合同中明确约定管辖法院。这一约定应当是书面形式的，并且与争议有实际联系，例如可以选择运输始发地、目的地、合同签订地或被告住所地等地的法院作为管辖法院。

2. 约定管辖的效力：一旦合同中明确约定了管辖法院，并且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷时，双方应当按照约定向选定的法院提起诉讼。这一约定具有优先效力，即优于法定管辖的规定。

三、法定管辖的补充作用

在没有协议管辖或协议无效的情况下，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。这一规定为运输合同纠纷的管辖提供了基本的法律框架。

四、约定管辖的注意事项

1. 合法性：约定管辖必须合法有效，不得违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，不能约定由基层法院管辖应由中级法院管辖的案件，也不能约定由与争议无实际联系的地点的法院管辖。

2. 明确性：约定管辖的条款应当明确具体，避免产生歧义。例如，应当明确约定具体的法院名称或地点，而不是模糊地约定“由原告所在地法院管辖”等。

3. 协商一致：约定管辖应当是双方协商一致的结果，不能单方面强制对方接受。在签订合同时，双方应当充分沟通并达成一致意见。

五、实际案例说明

假设有一份航空运输合同，合同中明确约定：“如因本合同发生纠纷，双方同意由运输目的地的人民法院管辖。”后来，因货物损坏问题发生纠纷，双方就可以按照约定向运输目的地的人民法院提起诉讼，而无需遵循法定管辖的规定。

总结与建议：铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷是可以约定管辖的，但这一约定必须合法有效、明确具体，并且是双方协商一致的结果。在签订合同时，建议双方充分考虑可能发生的纠纷类型和管辖法院的选择，以减少后续纠纷的处理难度和成本。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。