结论：原配在起诉第三者还钱的过程中，即使第三者把钱还给了男方，原配的起诉仍然可以受理，但能否胜诉及最终能否实际追回钱款，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律基础与起诉受理条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有。夫妻对共同财产，有平等的处理权。
- 若男方未经原配同意，擅自将夫妻共同财产赠予第三者，该赠与行为可能因违反公序良俗或未经另一方同意而无效（《民法典》第一百五十三条、第一百五十七条）。
起诉受理条件：
- 原配作为夫妻共同财产的合法共有人，有权对侵害其财产权益的行为提起诉讼。
- 起诉时，原配需提供初步证据证明男方与第三者之间存在赠与行为，且该行为侵害了其夫妻共同财产权益。
- 即使第三者在起诉过程中将钱款还给男方，这并不影响原配起诉的受理，因为起诉是基于侵害行为的发生，而非钱款当前的状态。
二、第三者还款对案件的影响
还款行为性质：
- 第三者还款可能被视为对侵害行为的部分或全部承认，但并不直接免除其法律责任。
- 若还款发生在起诉前，原配仍可就未返还部分或全部钱款提起诉讼。
- 若还款发生在起诉后，这可能作为案件审理中的一个事实因素，影响法院对案件的最终判决。
对胜诉的影响：
- 还款行为本身不直接决定原配能否胜诉，但可能影响法院对第三者过错程度、原配损失大小等事实的认定。
- 若第三者能证明还款是出于自愿且已全额返还，法院可能考虑减轻或免除其赔偿责任（但需注意，若赠与行为无效，第三者原则上应全额返还，除非能证明其无过错且已合理消耗钱款）。
- 若原配能证明第三者仍持有部分或全部钱款，或第三者存在恶意挥霍、转移财产等行为，法院将支持原配的诉讼请求。
三、原配应采取的策略与注意事项
证据收集：
- 原配应继续收集并固定证据，包括资金往来记录、关系证明、财产权属证明等，以证明男方与第三者之间的赠与行为及侵害其财产权益的事实。
- 若第三者已还款，原配应收集还款记录作为证据，以证明钱款的实际流向和当前状态。
诉讼策略：
- 原配可在起诉状中明确诉讼请求，包括要求第三者返还钱款、赔偿损失等。
- 在庭审过程中，原配应围绕“赠与行为无效”、“损害夫妻共同财产权”等核心点进行辩论，并出示相关证据支持其主张。
注意事项：
- 原配应注意诉讼时效问题，确保在知道权利受损之日起3年内提起诉讼。
- 原配应谨慎处理个人隐私信息，避免在诉讼过程中泄露不必要的个人信息。
- 若涉及大额财产或复杂法律关系，原配可考虑委托专业律师协助处理案件。
示例说明：假设男方私自用婚内积蓄为第三者购买了一辆汽车，原配发现后提起诉讼要求第三者返还购车款。在诉讼过程中，第三者将汽车变卖并将钱款还给男方。此时，原配的起诉仍然可以受理，因为起诉是基于男方与第三者之间的赠与行为及侵害其财产权益的事实。法院将根据双方提供的证据和法律规定，判断赠与行为是否无效、第三者是否应返还钱款及赔偿损失等。
进一步思考：在实际操作中，原配还需考虑第三者还款的来源、方式及是否涉及其他法律关系（如借款、合作等）。若第三者还款存在争议或涉及其他法律问题，原配可能需通过另行起诉或追加被告等方式维护其合法权益。因此，在处理此类案件时，原配应保持谨慎并寻求专业法律帮助。