结论：逾期申请免息分期后，利息是否会被扣除需分情况讨论，主要取决于金融机构的政策、合同约定以及逾期后的协商结果。以下是具体分析：

1. 若金融机构明确规定逾期后不再享受免息分期政策
   根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。若合同中明确约定“逾期即视为放弃免息分期资格”，则金融机构有权要求您支付逾期期间的利息（包括原本免息的部分），甚至可能加收违约金或罚息。此时，利息通常会被扣除，且可能按更高利率计算。

2. 若金融机构允许逾期后补申请免息分期，但需满足条件
   部分金融机构可能提供“逾期后补救”方案，例如：

   • 要求您一次性还清逾期本金及少量违约金后，重新申请免息分期；
     
   • 或延长分期期限，但将逾期利息分摊到后续还款中。
     这种情况下，利息可能以“分期偿还”或“部分减免”形式处理，但通常不会完全免除。

3. 若因金融机构过错导致逾期（如系统故障、未及时通知还款）
   根据《民法典》第五百七十七条，若逾期非因您自身原因（如金融机构未履行提示义务），您可主张免除逾期利息，甚至要求金融机构赔偿损失。此时需保留证据（如短信、邮件、通话记录），通过协商或诉讼争取权益。

行动建议：

1. 立即联系金融机构，明确逾期后的政策（是否可补申请免息、利息如何计算）；
   
2. 检查贷款合同中关于“逾期处理”“免息分期”的条款，确认自身权利义务；
   
3. 若认为金融机构处理不当，可向当地银保监会或金融消费权益保护局投诉，或通过诉讼解决。
   

如有进一步细节（如合同条款、逾期原因等），可随时向我咨询，我会结合具体情况为您分析。