结论：能否将房屋确权在女方名下不能一概而论，需要分情况讨论，主要取决于购房协议的具体约定、购房款的支付情况以及当地政策规定等因素。以下为你详细分析：

购房协议有明确约定房屋归属女方

如果双方在以男方名字签订的购房协议中，明确约定了该房屋实际归女方所有，那么从合同约定的角度来看，女方是有权要求将房屋确权在自己名下的。不过，由于房屋登记在男方名下，要完成确权，可能还需要办理一系列的手续。

• 协商过户：男女双方可以协商一致，由男方配合女方到相关部门办理房屋过户手续，将房屋产权变更登记到女方名下。在这个过程中，需要按照规定缴纳相关的税费。
• 诉讼确权：如果男方不愿意配合过户，女方可以凭借购房协议等证据向法院提起诉讼，请求法院确认房屋归自己所有。法院会根据双方提供的证据和实际情况进行审理和判决。如果法院判决房屋归女方所有，女方可以凭借判决书到相关部门办理房屋产权变更登记手续。

购房协议未明确约定房屋归属

如果购房协议中没有明确约定房屋的归属，那么房屋的产权归属就需要根据其他因素来确定。

• 购房款支付情况
  • 女方支付购房款：如果购房款全部或大部分是由女方支付的，那么女方可以主张房屋归自己所有。但女方需要提供相关的证据，如银行转账记录、付款凭证等，以证明购房款的来源和支付情况。在这种情况下，女方同样可以先与男方协商解决，协商不成则可以通过诉讼的方式解决。法院会根据购房款的支付情况、双方的贡献等因素综合判断房屋的归属。
  • 男方支付购房款：如果购房款是由男方支付的，那么从表面上看，房屋归男方所有。但如果女方能够证明购房款是男方对她的赠与，或者双方存在其他约定，如借名买房等，那么女方也有可能获得房屋的产权。不过，女方需要提供充分的证据来支持自己的主张，否则很难得到法院的支持。
• 当地政策规定：在一些地区，对于农村房屋的买卖和确权有特殊的政策规定。例如，有些地区规定农村房屋只能在本村集体经济组织成员之间流转，如果男方户口不在村里，那么以男方名义购买的房屋可能无法进行确权登记。在这种情况下，即使女方是本村村民，也可能面临确权的困难。女方需要了解当地的政策规定，并咨询相关部门，看是否可以通过其他方式解决确权问题。

建议：由于房屋确权问题涉及到复杂的法律关系和证据认定，建议你收集好购房协议、付款凭证等相关证据，及时向我进一步咨询，以便我根据你的具体情况为你提供更准确的法律建议和解决方案。