针对您提出的“公司已经注销三年，如何起诉股东”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，即使公司已经注销，若您认为股东存在不当行为并希望追究其法律责任，您仍然有权通过法律途径进行起诉。但在此之前，您需要完成一系列准备工作，以确保诉讼的顺利进行。
一、确定起诉的合理性与法律依据
明确起诉原因：您需要详细梳理公司注销的具体情形，以及您认为股东存在的不当行为，如未履行清算义务、清算过程中存在过错、出资不实或抽逃出资等。这些行为可能直接或间接地损害了公司利益或您的个人利益。
选择法律依据：根据《公司法》、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）、（三）》以及《民法典》等相关法规，您可以确定股东应承担的具体法律责任。例如，若股东未履行清算义务，可能需承担赔偿责任；若股东出资不实或抽逃出资，则可能需补足出资或承担连带责任。
二、收集证据材料
公司注销相关材料：您需要获取公司的注销登记档案，包括清算报告、股东会决议等。这些材料将帮助您了解清算程序的合法性，以及股东在清算过程中的行为。
财务资料：收集公司的财务报表、审计报告等财务资料，以证明股东是否存在出资不实或抽逃出资等问题。这些资料对于证明股东的财务责任至关重要。
其他证据：如合同文件、交易记录、通信记录、证人证言等，这些证据将帮助您证明股东的不当行为及给您造成的损失。
三、确认被告身份与起诉材料准备
被告信息：您需要明确被告股东的姓名、性别、年龄、住址、联系方式等基本信息，以确保法院能够准确识别并通知被告。
起诉状撰写：在起诉状中，您需要详细陈述原告信息、被告信息、诉讼请求、事实和理由。同时，附上所有支持诉讼请求的证据材料，如上述收集到的公司注销相关材料、财务资料和其他证据。
四、确定管辖法院
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，您需要根据被告住所地或合同纠纷等特殊情况来确定管辖法院。一般来说，由被告住所地人民法院管辖；若被告为法人或其他组织，则由其住所地人民法院管辖。
五、立案与诉讼程序
提交起诉材料：将起诉状和证据材料提交给有管辖权的人民法院立案庭，等待审查并缴纳诉讼费用。
案件审理：
六、执行判决或裁定
若法院判决支持原告诉求，股东需承担相应的法律责任。若股东不履行判决，您可申请强制执行，以确保您的权益得到实现。
总结与建议：
起诉已注销公司的股东是一项复杂的法律行为，需要您充分了解法律依据、收集充分证据，并按照法定程序进行操作。在整个过程中，我建议您咨询专业律师的意见，以确保诉讼的成功率和您合法权益的有效维护。律师将能够为您提供更具体的法律建议，帮助您制定更有效的诉讼策略。