若挂靠公司破产，与该公司签订的内部合作协议的处理方式需根据协议具体内容、合作模式及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 协议性质与效力认定
   需首先明确内部合作协议的法律性质。若协议实质为挂靠经营（即实际经营者以挂靠公司名义对外开展业务，向挂靠公司支付管理费），根据《民法典》第153条及《建筑法》第66条等规定，挂靠协议可能因违反法律强制性规定（如资质管理要求）被认定无效。若协议为合法有效的内部承包或合作经营协议，则需按协议约定及破产法规则处理。

2. 破产程序中的债权申报

   • 若协议有效：实际经营者作为合同相对方，可依据协议约定向破产管理人申报债权，包括但不限于应收款项、投资回报、设备所有权等。需注意，若合作协议涉及共益债务（如为继续营业必需的支出），可能享有优先受偿权。
     
   • 若协议无效：根据《企业破产法》第46条及《民法典》第157条，实际经营者可主张返还财产或折价补偿，但需与其他无效合同债权人按比例受偿，清偿顺序劣后于职工债权、税款债权等。

3. 实际经营者可能面临的风险

   • 对外债务承担：若挂靠经营被认定无效，实际经营者可能需对挂靠公司对外债务承担连带责任（尤其当第三方不知挂靠关系时）。
     
   • 资产追索限制：破产程序中，挂靠公司名下资产（包括实际经营者投入的设备、资金等）可能被纳入破产财产统一分配，实际经营者需通过债权申报主张权利，而非直接取回。
     
   • 行政处罚风险：若挂靠行为违反行业监管规定（如建筑、运输领域），实际经营者可能面临行政处罚，且处罚结果可能影响债权清偿顺序。

4. 实务建议

   • 立即申报债权：在破产管理人指定后15日内，向管理人提交协议原件、付款凭证、业务往来记录等证据，主张债权金额及性质。
     
   • 参与债权人会议：通过债权人会议了解破产进展，对重整计划、财产分配方案等行使表决权。
     
   • 主张优先权：若实际经营者投入的设备、车辆等可独立识别且未纳入破产财产，可依据《企业破产法》第38条主张取回权。
     
   • 防范连带责任：若挂靠公司对外负债，需评估是否需通过诉讼或协商方式隔离风险，避免被追加为被执行人。

提示：破产案件处理需结合具体证据及法院裁判规则，建议携带协议文本、财务记录等材料进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询破产债权申报、合同效力审查等具体问题。