核心结论：三人合资购买商铺但房本仅登记一人名字时，必须签订书面《合资购房协议》或《代持协议》，明确各方权利义务，避免未来产生纠纷。以下为具体协议要点及注意事项：

一、协议核心条款设计

1. 出资比例与产权归属

   • 明确三人各自的出资金额、占总房款的比例（如A出资50%、B和C各出资25%）。
     
   • 约定产权登记方式：虽房本仅写一人（如A）名字，但需注明实际为三人按份共有，A仅为名义产权人。
     
   • 示例条款：
     > “本商铺由甲、乙、丙三方按50%、25%、25%的比例出资购买，产权登记在甲方名下，但甲方仅代持，实际产权归属三方按份共有。”

2. 资金管理与使用

   • 设立共管账户或指定一方管理购房资金，明确资金支出需三方共同签字确认。
     
   • 保留所有付款凭证（如转账记录、发票），避免现金交易导致举证困难。

3. 产权登记与代持风险

   • 约定名义产权人（A）不得擅自处分房产（如出售、抵押），否则需赔偿其他方损失。
     
   • 要求A配合办理抵押、出租等手续，并签署相关授权委托书。
     
   • 示例条款：
     > “未经乙、丙双方书面同意，甲方不得将商铺转让、抵押或设定其他权利负担，否则应按商铺市场价的200%向乙、丙方赔偿。”

4. 收益分配与费用承担

   • 明确租金、增值收益按出资比例分配，物业费、税费等按比例分担。
     
   • 约定未来出售房产时，各方需按出资比例分配售房款。

5. 违约责任与争议解决

   • 设定违约金条款（如逾期出资、擅自处分房产的违约责任）。
     
   • 约定争议解决方式（如仲裁或诉讼，优先选择商铺所在地法院）。

二、协议签署与公证

1. 签署主体

   • 三方必须亲自签字（避免代签），若一方为法人需加盖公章。
     
   • 建议附上身份证复印件、出资凭证作为协议附件。

2. 公证与备案

   • 协议可办理公证，增强证据效力（尤其涉及代持时）。
     
   • 若可能，将协议内容向不动产登记中心备案（部分地区支持）。

三、风险防范补充措施

1. 抵押登记

   • 可要求名义产权人（A）将商铺抵押给其他两方（B、C），作为履约担保，防止A擅自处分房产。

2. 授权委托书

   • A需签署授权委托书，授权B、C在特定条件下（如A失联）直接处置房产，保障其他方权益。

3. 定期对账

   • 约定每季度或每年核对一次资金使用、收益分配情况，并签字确认。

四、法律风险提示

1. 代持协议效力

   • 若协议内容合法（不违反强制性规定），一般认定有效，但需注意：
     
     • 避免以合法形式掩盖非法目的（如规避限购政策，可能导致协议无效）；
       
     • 实际出资人可能因“借名买房”被认定为无权处分，需保留充分出资证据。

2. 名义产权人债务风险

   • 若A对外负债，商铺可能被债权人查封、拍卖。建议通过抵押登记或要求A提供其他担保降低风险。

建议：协议签订后，务必保留所有出资凭证、沟通记录，并定期跟进房产状态。若涉及金额较大或情况复杂，可进一步细化协议条款或咨询我补充设计。