发现违法建筑已在营业的，应当立即函告相关部门，主要涉及城乡规划部门、城市管理综合执法部门，可能还涉及消防、市场监管、环保等部门，具体需根据违法情形和当地规定确定。

1. 函告时间
   一旦发现违法建筑正在营业，应当立即函告相关部门。违法建筑本身违反《城乡规划法》等法律法规，若同时用于经营活动，可能进一步涉及消防安全、市场准入、环保等合规问题，拖延处理可能导致风险扩大（如安全事故、环境污染等），因此及时函告是关键。

2. 函告对象及依据
   根据违法建筑的具体情形和当地管理权限，需函告的部门可能包括：

   • 城乡规划部门：负责认定建筑是否违反规划许可，是处理违法建筑的核心部门（《城乡规划法》第64条）。
     
   • 城市管理综合执法部门：若当地已将规划执法权委托给城管部门，则需向其函告（《行政处罚法》第17条）。
     
   • 消防救援机构：若建筑存在消防隐患（如未通过消防验收），需函告其核查并责令整改（《消防法》第58条）。
     
   • 市场监管部门：若违法建筑内的经营活动涉及无照经营或超范围经营，需函告其查处（《市场主体登记管理条例》第43条）。
     
   • 环保部门：若经营活动涉及环境污染（如餐饮油烟、噪音），需函告其介入（《环境保护法》第59条）。
     

3. 函告内容建议
   函件应明确以下信息以协助部门快速处理：

   • 违法建筑的具体位置、面积、结构；
     
   • 营业活动的类型（如餐饮、零售等）及经营时间；
     
   • 现场照片、视频等证据材料；
     
   • 引用相关法律法规条款（如《城乡规划法》第64条）。
     

4. 后续跟进
   函告后需主动与相关部门沟通，确认是否立案、处理进度，并保留函件送达凭证（如邮寄回执、签字确认单）。若部门未及时处理，可依据《行政诉讼法》第12条提起行政诉讼，督促其履职。

提示：不同地区的部门职责划分可能存在差异（如部分地区由自然资源部门负责规划执法），建议函告前通过当地政府官网或12345热线确认具体受理部门。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。