当纳税人善意取得虚开的增值税专用发票时，确实可能会涉及到滞纳金的问题，下面我将为您详细解释相关情况及处理步骤：
一、善意取得的界定
首先，我们需要明确什么是“善意取得”。根据相关法律法规，“善意取得”需同时满足以下条件：
- 购货方不知情：在交易过程中，您不知道销售方提供的增值税专用发票是以非法手段获得的。
- 以正常价格购入：您与销售方之间的交易价格符合市场规律，不存在明显不合理的低价或高价。
- 发票内容与实际相符：增值税专用发票上注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际交易情况一致。
- 无证据表明购货方知道发票非法：没有证据显示您在购买商品或服务时知晓销售方的发票来源不合法。
二、善意取得虚开发票的处理步骤及滞纳金问题
若税务机关认定您善意取得虚开发票，您需要采取以下措施：
及时补税与滞纳金：
- 您需要补缴因抵扣该发票而产生的税款。
- 同时，根据税务机关的要求，您可能还需要支付滞纳金。滞纳金通常是从滞纳税款之日起，按日万分之五计算。例如，如果您因善意取得虚开发票多抵扣了进项税额10万元，那么您需要在接到税务通知后的一定期限内（通常是15日内）补缴这10万元税款，并支付相应的滞纳金。
申请退税（如适用）：
- 如果您已经申报了出口退税，并且该退税涉及到了虚开的发票，那么您需要主动向税务机关报告，并退回已退税款。
配合税务调查：
- 您需要提供交易合同、付款凭证、物流单据等材料，以证明交易的真实性。这些材料将有助于税务机关确认您的善意取得行为。
解除异常凭证状态（如适用）：
- 如果您的发票被认定为异常凭证，您可以通过申诉程序来消除这种状态。这通常需要您提交业务真实性的证明材料。
三、风险防范建议
为了避免未来再次遇到类似问题，我建议您采取以下风险防范措施：
强化供应商管理：
- 在选择供应商时，核查其税务登记信息、经营资质及信用等级。优先选择信誉良好的供应商进行合作。
完善内控机制：
- 建立发票审核流程，要求业务部门对发票的真实性负责，财务部门进行二次复核。确保每一张发票都经过严格的审核。
加强税法培训：
- 定期组织财务人员学习最新的税收政策，提升他们的风险识别能力。这样可以帮助您更好地识别并避免潜在的税务风险。
四、法律责任说明
最后，我需要提醒您的是，虽然善意取得虚开发票不构成偷税行为，并且通常不会承担刑事责任，但如果您存在过错（如未履行合理的审查义务），税务机关可能会对您处以罚款。罚款的金额根据情节的严重程度而定，可能是5万元以下，也可能是5万元以上50万元以下。
综上所述，善意取得虚开的增值税专用发票时，您确实可能需要支付滞纳金。为了避免这种情况的发生，我建议您加强供应商管理、完善内控机制，并定期组织税法培训。如果您已经遇到了这样的问题，请及时补税并支付滞纳金，同时配合税务机关的调查工作。