施工方在申请工程进度款时存在工程量造假行为，属于严重的违约及可能的违法行为，建设单位可采取以下措施进行处理：

1. 立即核查并固定证据
   建设单位应第一时间委托第三方监理机构或造价咨询单位对已报工程量进行复核，重点核查造假部分（如虚报工程量、重复计算、篡改数据等）。同时，留存施工方提交的进度款申请资料、现场签证单、施工日志等原始文件作为证据。若发现造假行为，需形成书面核查报告并要求施工方签字确认，若其拒签，可通过公证或见证方式固定证据。

2. 依据合同追究违约责任
   根据《民法典》第五百七十七条，施工方未按约定履行义务（如提供虚假资料），建设单位有权要求其承担违约责任。具体措施包括：

   • 扣减或拒付进度款：直接扣除虚报部分的工程款，并要求施工方返还已多支付的款项；
     
   • 要求赔偿损失：若造假导致工期延误、质量隐患或额外成本支出，可要求施工方赔偿实际损失；
     
   • 解除合同：若造假行为性质恶劣（如涉及重大欺诈或多次违约），可依据合同约定或《民法典》第五百六十三条行使法定解除权，终止合同并要求施工方撤场。

3. 行政处罚与行业惩戒
   若造假行为涉嫌违反《建筑法》《招标投标法》等规定（如串通投标、弄虚作假骗取中标），建设单位可向当地住建部门举报，由行政部门对施工方处以罚款、没收违法所得、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等处罚。同时，可向行业协会通报，推动对其信用评价降级或列入黑名单。

4. 刑事报案（如构成犯罪）
   若施工方通过伪造公文、印章、财务凭证等手段虚报工程量，且数额较大（通常达6万元以上），可能涉嫌《刑法》第二百二十四条合同诈骗罪或第二百六十六条诈骗罪。建设单位可向公安机关经侦部门报案，追究其刑事责任。

5. 完善合同与过程管理
   为防范风险，建设单位应在合同中明确：

   • 工程量申报的审核程序（如要求施工方附计算书、图纸等支撑材料）；
     
   • 造假行为的违约责任（如按虚报金额的2-3倍罚款）；
     
   • 争议解决方式（如约定仲裁或诉讼管辖地）。
     施工过程中，应加强现场管理，要求监理单位严格审核工程量，并定期与施工方核对已完成工作量，避免事后纠纷。

提示：若已发生造假纠纷，建议优先通过协商或调解解决，以降低时间成本；若协商无果，需及时启动法律程序，避免超过诉讼时效（3年）。具体操作可进一步向我咨询，我将结合合同条款及证据情况提供专项方案。