关于工程项目周末加班工资的计算问题，需要结合我国《劳动法》《劳动合同法》及相关司法解释综合分析，具体分以下几种情况说明：

1. 标准工时制下的周末加班
   根据《劳动法》第44条，若员工实行标准工时制（每日8小时、每周40小时），周末安排加班且无法安排补休的，用人单位需支付不低于工资200%的加班费。计算公式为：
   月工资÷21.75天（月计薪天数）÷8小时×周末加班小时数×200%
   例如：月工资8000元，周末加班8小时，则加班费为8000÷21.75÷8×8×2=735.63元

2. 综合计算工时制下的周末加班
   若经劳动行政部门批准实行综合计算工时制（如以周、月为周期），周末加班是否需支付加班费需分情况：

• 周期内总工时未超标：周末工作视为正常出勤，无需额外支付加班费；
  
• 周期内总工时超标：超出部分按150%支付加班费（无论是否周末）。
  例如：月综合工时160小时，实际工作180小时，则超出的20小时按150%支付加班费。

1. 不定时工时制下的周末加班
   对实行不定时工时制（如高管、外勤人员），根据《工资支付暂行规定》，周末工作一般不视为加班，用人单位无需支付加班费。但需注意：部分地区（如上海）规定，不定时工时制员工在法定节假日工作的仍需支付300%加班费。

2. 特殊情形：休息日与法定节假日重叠
   若周末恰逢法定节假日（如国庆节），则按《劳动法》第44条第3项，需支付300%工资，且不得以补休替代。

实务建议：

1. 保留考勤记录、工资条等证据，以便维权；
   
2. 签订劳动合同时明确工时制度，避免争议；
   
3. 若用人单位拒付加班费，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有具体案例或地区差异问题，可进一步向我说明细节，我会结合当地规定为您详细分析。