三方协议违约金超过5000元是否合法，需结合具体情况综合判断，但通常若违约金过分高于实际损失，违约方有权请求法院或仲裁机构适当减少。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定与违约金上限
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。然而，如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
特定情境下的限制：对于应届毕业生不履行三方协议的情况，虽然法律没有直接规定违约金的具体上限，但通常认为，最高违约金一般不应超过用人单位为招聘该毕业生所支付的实际成本及毕业生违约可能给用人单位造成的合理预期损失范围。若违约金数额过高且无正当理由，可能被视为不合理。
二、协议约定的有效性
自愿平等原则：如果三方协议中明确约定了违约金的数额，且该约定是在双方自愿、平等的基础上达成的，不违反法律法规的强制性规定，那么从形式上看，该约定是有效的。
调整可能性：即便协议中有明确约定，如果违约金数额明显过高，超出了因违约行为可能造成的损失，违约方在诉讼或仲裁过程中仍可以请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑违约行为的性质、违约方的过错程度以及守约方的实际损失等因素。
三、实际损失与公平原则
综合考量因素：违约金的约定应遵循公平原则，即违约金数额应与违约造成的损失相匹配。过高的违约金可能导致不公平的结果，影响毕业生的就业选择和权益。
实际损失的计算：在实际操作中，守约方需要提供证据证明其因违约遭受的实际损失。如果无法提供充分证据，法院可能难以支持高额违约金的请求。
四、行业惯例与交易习惯
行业标准参考：在某些行业或特定领域，可能存在普遍认可的违约金标准。如果5000元以上的违约金在该行业内是常见且合理的，结合其他因素，这种约定也可能被认定为合法。但行业惯例并非决定性因素，仍需结合具体案例情况进行分析。
交易习惯的影响：交易习惯也可能对违约金的合理性产生影响。如果双方在过去的交易中一直遵循某种违约金标准，且该标准在行业内被广泛接受，那么这种标准可能被视为合理。
五、建议与注意事项
合理约定违约金：在签订三方协议时，双方应充分考虑可能的违约情况和损失大小，合理约定违约金的数额。避免约定过高或过低的违约金，以减少后续纠纷的可能性。
保留证据：如果发生纠纷，守约方应尽可能收集并保留相关证据，以证明其因违约遭受的损失。这有助于在诉讼或仲裁过程中支持其关于违约金的请求。
寻求法律帮助：如果您对违约金的数额或效力有疑问，或者遇到了相关纠纷，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供针对性的法律意见和解决方案。
示例说明：假设一份三方协议中约定，如果毕业生违约，需支付10000元违约金。然而，用人单位为招聘该毕业生所支付的实际成本仅为3000元，且毕业生违约并未给用人单位造成其他额外损失。在这种情况下，10000元的违约金可能被视为过分高于实际损失，毕业生有权请求法院或仲裁机构适当减少违约金数额。
综上所述，三方协议中违约金超过5000元是否合法，需根据具体情况进行综合判断。在签订和履行三方协议时，各方应严格遵守相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。