主动去交警队处理电动摩托车套牌车是合法的行为，且是明智之举。这一行为体现了对法律的尊重，也有助于避免更严重的法律后果。以下是对此问题的详细分析：
一、电动摩托车套牌的法律后果
电动摩托车套牌是违反交通法规的严重行为。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条的规定，伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车号牌，由公安机关交通管理部门予以收缴，扣留该机动车，处十五日以下拘留，并处二千元以上五千元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。对于电动摩托车而言，如果其被认定为机动车范畴（如时速快、重量大），则同样适用此规定。
二、主动处理套牌车的益处
- 避免更严重的处罚：主动去交警队处理套牌车，可以表明你的态度和诚意，有助于减轻或避免更严重的法律处罚。
- 维护自身权益：如果套牌行为并非你所为，或者你是在不知情的情况下购买了套牌车，主动处理可以为你提供一个说明情况、提供证据的机会，从而维护你的合法权益。
- 遵守法律义务：作为公民，我们有义务遵守国家的法律法规。主动处理套牌车是履行这一义务的具体体现。
三、处理套牌车的具体步骤
- 准备相关证据：在前往交警队之前，准备好与套牌车相关的所有证据，如购车凭证、车辆登记证书等。这些证据将有助于你说明情况、证明自己的清白。
- 前往交警队说明情况：携带相关证据前往交警队，向工作人员说明你的情况。他们会根据你的证据和陈述进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
- 配合交警的调查和处理：在交警队处理过程中，积极配合交警的调查和处理工作。如实提供信息、接受询问，并按照交警的要求完成相关手续。
四、特殊情况的处理
- 不知情购买套牌二手车：如果你是在不知情的情况下购买了套牌二手车，可以向交警说明情况，并提供购车凭证等相关证据。交警会根据实际情况进行调查，并可能对你从轻处理。
- 证明套牌非自己所为：如果你能证明套牌行为并非你所为（例如套牌是在车辆被盗抢期间被他人使用等），你可以向交警部门反映这一情况，并提供相关证据。交警会进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
温馨提示：电动摩托车套牌行为是违法的，一旦被发现将面临严格的处罚。因此，我建议你遵守相关法律法规，不要使用套牌电动摩托车。如果你不慎涉及套牌问题，请主动前往交警队处理，并积极配合交警的调查和处理工作。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。