针对民营企业自行委托代理机构进行公开采购时，若发现代理机构存在违法行为，可按以下步骤处理：

1. 立即终止与违法代理机构的合作
   一旦发现代理机构存在违法行为（如围标串标、虚假招标、泄露保密信息、收受贿赂等），民营企业应第一时间书面通知代理机构终止合作，并保留终止合作的证据（如书面通知、邮件、聊天记录等）。这是防止损失扩大的关键措施。

2. 固定违法证据并内部调查

   • 收集证据：包括招标文件、投标文件、评标记录、代理机构操作记录、沟通记录、付款凭证等，尤其是能证明代理机构违法行为的直接证据（如伪造文件、串通投标聊天记录等）。
     
   • 内部调查：成立专项小组或委托第三方机构，对采购流程进行全面审查，明确违法行为的性质、范围及影响（如是否导致中标结果无效、是否损害其他投标人利益等）。

3. 向行政监督部门举报
   根据《招标投标法》及实施条例，民营企业可向以下部门举报代理机构的违法行为：

   • 项目审批、核准部门（如发改委）：若采购项目涉及公共利益或需审批，可向其反映代理机构违规操作。
     
   • 行业主管部门：如采购内容属于工程建设领域，可向住建部门举报；属于政府采购范畴的，可向财政部门举报。
     
   • 市场监管部门：若代理机构存在虚假宣传、商业贿赂等行为，可向市场监管局投诉。
     举报时需提交书面材料，包括违法事实、证据清单、企业联系方式等，并要求书面回复处理结果。

4. 评估中标结果有效性并采取补救措施

   • 若代理机构违法行为直接影响中标结果（如串标导致特定企业中标），民营企业应依据《招标投标法》第64条，认定中标无效，并重新组织招标或选择其他合法方式确定供应商。
     
   • 若违法行为未直接影响中标结果（如程序瑕疵但未损害公平性），可与中标人协商补充合同条款或加强后续监管，但需确保不违反法律强制性规定。

5. 追究代理机构民事赔偿责任
   若代理机构违法行为导致民营企业遭受损失（如重新招标增加的成本、延误工期赔偿等），可依据《民法典》第186条，以“违约责任”或“侵权责任”为由，向代理机构主张赔偿。需注意：

   • 合同中若约定了违约责任（如违约金、赔偿范围），可直接依据合同起诉；
     
   • 若合同未约定或约定不明，需证明代理机构过错与损失之间的因果关系，并保留损失计算依据（如财务凭证、第三方评估报告等）。

6. 考虑刑事报案（若涉嫌犯罪）
   若代理机构行为涉嫌犯罪（如串通投标罪、非国家工作人员受贿罪、侵犯商业秘密罪等），民营企业可向公安机关经侦部门报案。需提供初步证据（如资金往来记录、串标聊天记录等），公安机关立案后将依法侦查。

补充建议：

• 民营企业应在采购合同中明确代理机构的违法责任条款（如违约金、赔偿上限、单方解约权等），降低后续维权成本。
  
• 日常合作中，定期对代理机构进行合规审查（如操作流程、人员资质、历史项目评价等），提前防范风险。
  
• 若涉及重大项目，可委托律师全程参与采购流程，确保程序合法性。
  

如有具体案件细节或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的解决方案。