您好，关于您提出的“借款合同是否可以盖合同专用章”的问题，我可以明确地告诉您，借款合同是可以盖合同专用章的，并且这样做是合法且有效的。
首先，我们来了解一下合同专用章的法律效力。合同专用章是企业或单位在签订各类具有法律意义的合同时专门使用的印章。当借款合同上加盖了合同专用章，这代表着借款方或贷款方已经正式确认了合同的内容，并愿意接受合同条款的约束，承担相应的法律责任。因此，从法律层面来说，合同专用章在借款合同上的使用是完全有效的。
接下来，我们谈谈合同专用章与公章的区别及适用。虽然公司的公章在特定情况下也可以用于签署借款合同，但合同专用章因其专属性质，更常用于日常的合同签署工作。公章则可能更多地涉及公司更广泛的法律事务和对外代表权。所以，在实际操作中，我们会根据公司内部的管理制度和授权情况，来合理选择使用哪种印章。
当然，在使用合同专用章签署借款合同时，也有一些注意事项需要您留意：
主体一致性：请确保盖章的主体与合同中的借款方或贷款方主体完全一致，避免因主体不符而导致的合同无效或纠纷。
合同内容完备性：在签署前，请务必仔细审查合同条款，确保内容完备、条款清晰，并且符合法律法规的要求。这有助于保障合同的有效性和各方的合法权益。
合规性审查：对合同中的各项条款进行合规性审查，确保其不违反国家法律法规和强制性规定，从而确保合同的合法有效性。
谨慎签约：在签署借款合同时，请保持高度谨慎，仔细阅读合同条款，理解其含义和法律后果。如有任何疑问或不明确之处，建议您及时咨询专业律师或法律顾问。
综上所述，借款合同是可以盖合同专用章的，并且这样做是合法且有效的。但在使用过程中，请务必遵循相关法律法规和公司内部管理规定，确保合同的合法有效性及各方的权益保护。希望这个解答能够对您有所帮助。