结论：交通肇事罪初犯即使有谅解书，检察院仍有可能起诉，但也可能根据具体情况作出不起诉决定。这主要取决于案件的具体情节、犯罪嫌疑人的悔罪表现以及社会危害程度等多种因素。
详细分析
一、可能起诉的情况
犯罪情节严重：
- 如果交通肇事造成了严重后果，如致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失，且犯罪嫌疑人负事故全部或主要责任，那么即使取得了谅解书，检察院也可能认为犯罪情节较重，不符合不起诉的条件，从而提起公诉。
法律程序要求：
- 交通肇事罪属于公诉案件，由国家公诉机关（即检察院）提起诉讼。检察院在决定是否起诉时，必须严格遵循法律规定和程序要求，综合考虑案件的所有相关因素，包括犯罪事实、证据确凿程度、社会危害程度等。谅解书虽然是一个重要的参考因素，但并非决定性因素。
二、可能不起诉的情况
犯罪情节轻微：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第二款规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。在交通肇事案件中，如果犯罪嫌疑人犯罪情节较轻，如仅造成轻微人员受伤和财产损失，且积极赔偿、取得被害人谅解并真诚悔罪，检察院综合全案情况可能会认为不需判处刑罚，从而作出酌定不起诉决定。
法定不起诉情形：
- 如果存在情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的；经特赦令免除刑罚的；依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的；犯罪嫌疑人、被告人死亡的等情形，检察院应作出不起诉决定。不过，这些情形在交通肇事罪中较为罕见。
证据不足不起诉：
- 若经过补充侦查后，检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应作出不起诉决定。此时与是否取得谅解书无关，关键在于证据是否足以证明犯罪嫌疑人构成交通肇事罪。
三、谅解书的作用与考量
- 谅解书是被害人或其家属对犯罪嫌疑人表示谅解的书面证明，它可以在一定程度上反映犯罪嫌疑人的悔罪态度和被害人的态度。在审查起诉阶段，检察院会综合考虑案件事实、证据以及犯罪嫌疑人的认罪态度、悔罪表现等因素，其中谅解书可以作为衡量犯罪嫌疑人社会危害性和再犯可能性的一个方面。
- 然而，谅解书并非检察院作出不起诉决定的唯一依据。检察院在决定是否起诉时，会全面评估案件的整体情况，确保法律的公正实施和社会的公共利益。
建议与总结
- 对于犯罪嫌疑人：即使取得了被害人的谅解书，也不应掉以轻心。应积极配合案件调查，表现出良好的认罪态度和悔罪表现，同时咨询专业律师以了解具体的法律程序和应对策略。
- 对于被害人及其家属：在出具谅解书前，应充分了解案件情况和法律后果，确保自己的权益得到充分保障。如果对案件处理有疑问或不满，可以及时向检察院或法院提出意见或申诉。
总之，交通肇事罪初犯即使有谅解书，检察院是否起诉仍需根据案件的具体情况来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。