事故理赔中约定的违约金是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若违约金条款基于双方自愿、平等协商，且不违反法律强制性规定，则合法有效
   根据《民法典》第五百八十五条，当事人可约定一方违约时向对方支付一定数额的违约金。在事故理赔场景中，若双方（如肇事方与受害方、或肇事方与保险公司）在理赔协议中明确约定了违约金条款（例如“逾期支付赔偿款需按日支付未付金额0.1%的违约金”），且该条款是双方真实意思表示，未违反法律、行政法规的强制性规定（如违约金比例未畸高），则该条款合法有效，违约方需承担违约责任。

2. 若违约金条款存在以下情形，则可能被认定无效或部分无效

   • 显失公平：若违约金金额远高于实际损失（例如约定违约金为赔偿款的50%，但实际损失仅为10%），法院可能根据《民法典》第一百五十一条，以“显失公平”为由调整违约金金额。
     
   • 违反法律强制性规定：若理赔协议本身因欺诈、胁迫、恶意串通等情形被认定无效（例如肇事方伪造证据骗取受害方签订高额违约金条款），则违约金条款自然无效。
     
   • 格式条款无效情形：若违约金条款是保险公司等强势方预先拟定的格式条款，且未履行提示或说明义务（例如未用加粗字体标注违约金条款），根据《民法典》第四百九十六条，受害方可主张该条款不成为合同内容。

3. 实务建议

   • 对受害方：签订理赔协议时，务必仔细阅读违约金条款，明确违约后果；若认为违约金过高，可要求调整或拒绝签订。
     
   • 对肇事方/保险公司：约定违约金时需合理评估实际损失，避免因比例过高被法院调整；若对方主张违约金过高，需提供证据证明实际损失（如医疗费、误工费等票据）。
     
   • 争议解决：若对违约金合法性有争议，可向法院起诉，由法院根据《民法典》及相关司法解释（如《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》中关于违约金调整的规定）综合判定。

总结：事故理赔中的违约金条款是否合法，核心在于是否双方自愿、内容是否公平合理。若您遇到具体纠纷，可直接向我咨询，我会结合协议内容、损失情况等细节为您分析。