结论前置：
- 公司对加班迟到进行罚款是否违法需分情况讨论：若罚款缺乏法律依据或违反法定程序，则属于违法行为；若符合公司规章制度且不违反法律强制性规定，则可能合法。
- 员工面对违法罚款时的处理方式：可通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径维权。
详细分析：
一、公司对加班迟到进行罚款的合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意对员工进行罚款，除非该罚款行为有明确的法律依据或符合公司依法制定的规章制度，并且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者。
- 加班迟到本身并不直接构成法律上的“违纪行为”，除非公司规章制度中明确将加班迟到列为违纪行为，并规定了相应的处罚措施。
罚款的合法性条件：
- 规章制度合法：公司规章制度必须依法制定，内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，且需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并公示或告知劳动者。
- 罚款幅度合理：即使公司规章制度中规定了罚款措施，罚款的金额也应当合理，不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 程序合法：公司在实施罚款前，应当告知劳动者违纪事实、处罚依据及处罚结果，并允许劳动者进行申辩。
违法罚款的情形：
- 若公司规章制度未依法制定或未公示告知劳动者，则其中的罚款条款无效。
- 若罚款金额超过法定标准或扣除后工资低于最低工资标准，则属于违法行为。
- 若公司未告知劳动者违纪事实、处罚依据及处罚结果，或未允许劳动者申辩，则罚款程序违法。
二、员工面对违法罚款时的处理方式
与公司协商：
- 员工可首先尝试与公司进行协商，说明罚款的违法性，并要求公司撤销罚款决定或退还已扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据（如工资条、罚款通知、公司规章制度等），要求劳动监察部门对公司进行调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 员工还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决公司撤销罚款决定或支付被扣除的工资及相应的经济补偿。
提起诉讼：
- 若对劳动仲裁结果不满，员工还可向法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 员工在面对公司罚款时，应保留好相关证据（如工资条、罚款通知、公司规章制度、与公司沟通的记录等），以便在维权时使用。
了解法律：
- 员工应了解自己的劳动权益及相关的法律法规，以便在面对公司违法行为时能够及时识别并采取措施。
及时维权：
- 员工在发现公司存在违法行为时，应及时采取措施维权，避免超过法定时效期间而丧失维权机会。
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