针对您提出的“护士离职了证件不转出去，医疗机构应该如何处理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，需要明确的是，护士的执业注册与其所在的医疗机构是紧密相关的。根据《护士执业注册管理办法》的相关规定，护士经执业注册取得《护士执业证书》后，方可按照注册的执业地点从事护理工作。这意味着，护士的执业地点是与其《护士执业证书》上的注册信息相匹配的。

当护士离职时，如果其《护士执业证书》上的执业地点仍然是原医疗机构，而该护士已经不在该机构工作，这实际上构成了一种不合规的状态。因为按照规定，护士不得在未经注册的执业地点从事护理工作。

针对这种情况，医疗机构应该采取以下措施：

1. 与护士沟通：

   • 医疗机构应首先与离职的护士进行沟通，了解其离职后的去向和是否计划将执业地点进行变更。
   • 提醒护士按照相关规定办理执业地点的变更手续，以确保其执业行为的合法性。

2. 协助办理变更手续：

   • 如果护士同意变更执业地点，医疗机构应协助其准备相关材料，如护士执业注册申请审核表、申请人的身份证明和《护士执业证书》等。
   • 医疗机构可以向批准设立新执业医疗机构或者为该医疗机构备案的卫生健康主管部门报告，并协助护士完成变更注册的手续。

3. 处理不合规状态：

   • 如果护士拒绝变更执业地点或无法联系到该护士，医疗机构应及时向当地卫生健康主管部门报告此情况。
   • 卫生健康主管部门在了解情况后，可能会根据相关规定对护士的执业注册进行处理，如注销其原执业地点的注册或采取其他相应措施。

4. 加强内部管理：

   • 医疗机构应加强对护士执业注册的管理，定期核查护士的执业地点是否与实际工作情况相符。
   • 对于离职的护士，应及时更新其执业注册信息，确保医疗机构的执业行为合法合规。

综上所述，当护士离职而证件不转出去时，医疗机构应积极与护士沟通、协助其办理变更手续、处理不合规状态，并加强内部管理以避免类似情况的发生。这样可以确保医疗机构的执业行为合法合规，同时保障护士的合法权益。