结论：公司让签保密协议时，员工确实有权选择是否签署，但这一选择并非绝对，需综合考虑保密协议的内容、相关法律法规以及员工的实际情况。即使未签署保密协议，员工对接触到的商业秘密仍负有保密义务。

一、保密协议的法律基础与合法性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。这为保密协议的签订提供了明确的法律依据。
2. 合法性：保密协议作为劳动合同的补充条款或独立协议存在，是合法的。但前提是协议内容必须合理且不违反法律法规，不得侵犯员工的合法权益。

二、员工拒绝签署保密协议的权利与后果

1. 拒绝权利：员工有自主决定是否签署保密协议的权利，公司不能强迫员工签订。如果协议条款过于苛刻或不合理，如保密期限过长、保密范围过于宽泛、不合理限制员工离职后的就业选择等，员工有权拒绝签署，并可与公司协商修改条款。
2. 职业影响：拒绝签署保密协议可能会让公司对员工的忠诚度和信任度产生疑虑，进而影响员工在公司的职业发展，如晋升机会、调岗或辞退等。但员工也有权维护自己的合法权益，不应被迫签署不合理的协议。
3. 法律责任：即使未签署保密协议，员工在职期间及离职后仍应对接触到的商业秘密负有保密义务。这是基于法律的直接规定或劳动合同的随附义务，也是诚信原则和职业道德的体现。若擅自泄露商业秘密，员工将承担相应的法律责任，包括赔偿损失等，甚至可能构成犯罪。

三、保密协议内容的合理性判断与处理

1. 合理条款：保密协议应明确界定保密信息的范围、保密期限、双方的权利义务，并可能包含一定的保密补偿（如有约定）。这样的条款是合理且常见的，员工应当遵守。
2. 不合理条款：如保密期限过长、保密范围过于宽泛、不合理限制员工离职后的就业选择（如竞业限制条款未约定补偿）等，属于不合理的霸王条款。员工可以与公司协商修改条款后再签署，若协商不成，有权拒绝签署，并可向劳动监察部门或劳动争议仲裁机构寻求帮助，以维护自己的合法权益。

四、建议与总结

1. 认真阅读：在面对公司要求签订保密协议时，员工应认真阅读协议内容，了解自己的权利和义务。
2. 及时沟通：如果认为保密协议存在问题或不合理之处，应及时与公司沟通协商，避免不必要的纠纷。
3. 明确义务：无论是否签署保密协议，员工都应明确自己在职期间及离职后对商业秘密的保密义务，以免因泄露商业秘密而承担法律责任。

综上所述，公司在要求员工签订保密协议时，员工应根据保密协议的具体内容、相关法律法规以及自身实际情况做出明智的选择。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。