破坏耕地立案后的处罚需根据具体违法情节、损害后果及法律规定综合判定，核心处罚方式包括行政处罚与刑事处罚两类，具体如下：

1. 行政处罚（针对一般违法行为）

若破坏耕地行为未达到刑事立案标准，但违反《土地管理法》《基本农田保护条例》等规定，由自然资源主管部门（原国土部门）实施行政处罚，常见措施包括：

• 责令限期改正或治理：要求违法者恢复耕地原状（如拆除建筑物、回填土方、复垦等）；
• 罚款：按破坏耕地面积处以罚款，标准为耕地开垦费的2-5倍（具体倍数由地方规定，如《土地管理法实施条例》第五十六条）；
• 没收违法所得：若破坏耕地过程中存在非法获利（如出售砂石、转租土地等），需没收违法所得。

示例：某企业未经批准在耕地上建仓库，占用耕地5亩，自然资源部门可责令其拆除仓库、复垦土地，并处以耕地开垦费3倍的罚款（假设当地开垦费为每亩2万元，则罚款总额为30万元）。

2. 刑事处罚（针对犯罪行为）

若破坏耕地行为符合《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”构成要件，需追究刑事责任，具体标准为：

• 立案标准：非法占用基本农田5亩以上，或基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏或严重污染；
• 处罚措施：
  • 量刑：处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；
  • 附加责任：若行为人同时构成其他犯罪（如环境污染罪），需数罪并罚。

示例：张某未经批准在基本农田上挖砂取土，导致10亩基本农田完全丧失耕种条件，经鉴定构成“严重毁坏”，张某可能被判处三年有期徒刑，并处罚金。

3. 特殊情形：行政处罚与刑事处罚的衔接

• “行刑衔接”原则：若违法行为同时触犯行政法规与刑法，行政机关需将案件移送公安机关立案侦查，行政处罚与刑事处罚不互相替代，但罚款可折抵罚金；
• 生态修复责任：无论行政还是刑事案件，违法者均需承担耕地修复责任，若拒不修复，法院可强制执行或由政府代为修复，费用由违法者承担。

温馨提示：破坏耕地行为可能同时涉及民事赔偿（如对周边农户造成损失），建议及时委托律师评估法律风险，制定应对方案。若您有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合证据材料为您分析处罚可能性及辩护策略。