结论：信用卡已经协商分期还款后，是否还会扣银行卡余额，取决于协商的具体内容以及银行的相关操作规定。以下从不同角度进行分析：
协商分期还款协议的具体内容：
- 如果在协商分期还款时，您与银行明确约定了还款方式为自动从指定银行卡中扣款，并且您也同意了这一条款，那么银行在约定的还款日会从该银行卡中扣除相应的分期款项。
- 如果协商分期还款协议中并未约定自动扣款，或者您明确拒绝了自动扣款的方式，那么银行通常不会擅自扣除您银行卡中的余额，除非存在其他特殊情况（如逾期未还款导致的强制扣款等）。
银行的操作规定：
- 不同银行对于信用卡分期还款的操作规定可能有所不同。有些银行可能默认提供自动扣款服务，以方便客户还款；而有些银行则可能要求客户主动进行还款操作。
- 因此，在协商分期还款时，建议您详细了解银行的相关操作规定，并明确自己的还款意愿和方式，以避免不必要的纠纷。
特殊情况下的扣款：
- 如果您在协商分期还款后，出现了逾期未还款的情况，银行可能会根据信用卡章程或相关法律法规的规定，采取强制扣款等措施来追回欠款。
- 此外，如果您的银行卡与信用卡存在关联账户或绑定关系，且您未及时解除这种关系，银行也可能在特定情况下从关联账户中扣款。
法律建议：
- 在协商信用卡分期还款时，务必仔细阅读并理解协议条款，特别是关于还款方式、扣款时间、扣款金额等方面的规定。
- 如果您不希望银行自动从银行卡中扣款，应在协商时明确提出，并确保协议中未包含自动扣款的条款。
- 定期查看银行卡和信用卡的交易记录，确保还款情况正常，及时发现并处理任何异常扣款情况。
可能后果：
- 如果银行未经您同意擅自扣除银行卡余额，您有权向银行提出异议，并要求银行退还多扣的款项。
- 如果因银行扣款导致您产生其他经济损失（如逾期利息、违约金等），您也有权要求银行进行赔偿。但需要注意的是，这种赔偿通常需要您提供充分的证据来证明银行的过错和您的损失。
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