针对您提出的“自建房罚款后是否算合法面积”的问题，这是一个涉及法律规划和审批程序的复杂问题，下面我将为您详细解答。

首先，我们需要明确一个核心判断依据：自建房罚款后能否被认定为合法面积，并非仅仅取决于是否缴纳了罚款，而是关键在于房屋建设是否符合当地的土地利用规划、乡村建设规划等实质性要求，以及是否依法办理了相关审批手续。

接下来，我们根据具体情况进行分析：

1. 符合规划且补办手续的情况：

   • 如果您的自建房在建设过程中仅存在程序性瑕疵，比如未及时办理建房审批手续，但房屋本身符合土地利用规划和乡村建设规划的要求；
   • 在缴纳罚款后，您按照规定补办了合法的建房审批手续，完善了建设程序；
   • 那么，该房屋的面积通常会被认定为合法面积。此时，罚款是对之前违反程序行为的一种处罚，补办手续后房屋整体合法性得到认可。

2. 不符合规划或隐瞒超标的情况：

   • 如果您的自建房严重违反土地利用规划，比如在农用地上违规建房，或者违反乡村建设规划，如超出规定的建筑范围、层数等；
   • 或者虽然办理了部分审批手续，但隐瞒了面积超标的情况，被有关部门查处；
   • 那么，即使您缴纳了罚款，也不能简单地将超出的面积认定为合法面积。因为罚款并不等同于使违法建筑合法化，对于不符合规划要求的部分，可能面临整改、拆除等进一步处理措施。

3. 主动报告并补交费用的情况：

   • 如果您在发现自建房面积超标后，主动向审批机关报告并补交一定费用；
   • 并且已经办理了合法的审批手续，拥有相关的宅基地使用权证书和规划许可证；
   • 那么，在缴纳罚款后，这部分超标的面积有可能被视为合法面积，但这还需根据当地的具体政策和规定来判断。

此外，根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占用的土地和违规建设的房屋不会因缴纳罚款而自动变为合法。罚款仅是对违法行为的一种经济制裁手段，它并不能直接改变建筑本身的违法性质。

总结与建议：

综上所述，自建房罚款后是否算合法面积，不能一概而论。它取决于房屋是否符合规划要求、是否依法办理了审批手续、是否主动报告并补交了费用等多个因素。因此，我建议您在自建房建设过程中，务必严格遵守相关法律法规和规划要求，及时办理审批手续，避免产生不必要的法律纠纷和经济损失。如果确实存在违规行为，应主动向相关部门报告并积极配合整改工作。