驾驶别人的摩托车闯红灯，扣分应当扣在实际驾驶人的驾驶证上，遵循“谁开车谁负责”的原则。不过，具体扣分情况还需根据违章查处方式及是否能确定实际驾驶人来判断，以下是详细分析：
一、能确定实际驾驶人的情况
现场查处：
- 如果在闯红灯时被交警现场拦下并开具处罚决定书，交警会直接记录实际驾驶人的驾驶证信息。此时，闯红灯的扣分将明确记在实际驾驶人的驾驶证上。
主动处理违章：
- 当交通技术监控设备（如电子眼）记录到摩托车闯红灯违法行为后，如果实际驾驶人主动前往交警队处理违章，并提供自己的驾驶证，那么扣分同样会记在实际驾驶人的驾驶证上。
二、无法确定实际驾驶人的情况
- 车主责任：
- 如果摩托车闯红灯被电子眼抓拍，但车主无法明确指出当时具体是谁驾驶车辆，部分地方的交警部门可能会默认将违章扣分记在车主的驾驶证上。这是因为车主对自己的车辆负有管理责任，需要确保车辆合法使用，避免被他人用于违法活动。不过，车主在承担责任后，有权向实际驾驶人追偿。
三、法律依据与处罚措施
法律条款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将面临警告或二十元以上二百元以下罚款，并可能面临记分等处罚措施。
扣分标准：
- 具体扣分情况依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》来执行。例如，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的（即闯红灯），一次将记6分。
四、建议与提醒
及时处理违章：
- 实际驾驶人应及时处理自己造成的违章行为，缴纳罚款并接受相应的记分处罚，以免产生滞纳金或影响驾驶证的正常使用。
车主谨慎借车：
- 车主在将摩托车借给他人时，应谨慎选择借用人，并确保其具备合法的驾驶资格和遵守交通规则的意识。同时，也应提醒借用人注意行车安全，遵守交通规则，以减少不必要的法律风险。
保留证据：
- 在借车给他人时，车主可以要求借用人提供身份证、驾驶证等证件的复印件或照片，并签订借车协议，明确双方的责任和义务。这样，在发生违章行为时，车主可以更容易地确定实际驾驶人，并避免不必要的法律纠纷。
综上所述，驾驶别人的摩托车闯红灯时，扣分原则上是扣在实际驾驶人的驾驶证上的。但在无法确定实际驾驶人的情况下，车主可能需要承担一定的责任。因此，无论是驾驶人还是车主，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。