结论前置：开别人的摩托车冲红灯，扣分应当扣在实际驾驶人的驾驶证上，遵循“谁开车谁负责”的原则。若无法确定实际驾驶人，则可能会依据具体情况对车辆所有人进行处罚。
详细分析：
能确定实际驾驶人的情况：
- 现场查处：如果在冲红灯时被交警现场拦下并开具处罚决定书，交警会直接记录实际驾驶人的驾驶证信息。此时，冲红灯的扣分将明确记在实际驾驶人的驾驶证上。
- 主动处理违章：当交通技术监控设备（如电子眼）记录到摩托车冲红灯违法行为后，如果实际驾驶人主动前往交警队处理违章，并提供自己的驾驶证，那么扣分同样会记在实际驾驶人的驾驶证上。
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次将记6分，并面临二十元以上二百元以下的罚款。
无法确定实际驾驶人的情况：
- 车主责任：如果摩托车冲红灯被电子眼抓拍，但车主无法明确指出当时具体是谁驾驶车辆，部分地方的交警部门可能会默认将违章扣分记在车主的驾驶证上。这是因为车主对自己的车辆负有管理责任，需要确保车辆合法使用，避免被他人用于违法活动。
- 特殊情况处理：在实际操作中，如果车主能够提供证据证明车辆被盗用或存在其他非自身原因导致的违章，可能有机会免除或减轻责任。但这需要车主积极配合交警部门的调查，并提供充分的证据。
安全提示与法律建议：
- 遵守交通规则：无论是驾驶自己的车辆还是他人的车辆，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。冲红灯不仅危及自身安全，还可能引发交通事故，对他人造成生命和财产的损失。
- 谨慎借车：车主在将摩托车借给他人时，应谨慎选择借用人，并确保其具备合法的驾驶资格和遵守交通规则的意识。同时，也应提醒借用人注意行车安全，遵守交通规则。
- 及时处理违章：如果实际驾驶人造成了违章行为，应及时处理违章，缴纳罚款并接受相应的记分处罚。避免因为拖延处理而导致更严重的后果。
总结：开别人的摩托车冲红灯时，扣分原则上是扣在实际驾驶人的驾驶证上的。但在无法确定实际驾驶人的情况下，车主可能需要承担一定的责任。因此，无论是驾驶人还是车主，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。如果您在交通法规或其他法律方面有任何疑问或需要进一步的咨询，可以直接向我提问，我将竭诚为您提供准确、专业的法律意见和指导。