结论：在招投标活动中，若招标文件明确要求投标有效期为90天，而投标人提交的投标文件却规定有效期为120天，这一做法并不直接违法，但可能引发一系列法律和实务上的问题，需根据具体情况分析。以下从不同角度详细阐述：

一、法律合规性角度

1. 不直接违法：从法律条文直接规定来看，并没有明确禁止投标文件中的有效期长于招标文件要求的有效期。因此，仅从这一层面分析，投标文件设定120天有效期并不直接违反法律法规。

2. 需符合招标文件要求：然而，招投标活动通常遵循“要约-承诺”原则，招标文件构成要约邀请，投标文件则构成要约。投标人提交的投标文件应当响应招标文件的所有实质性要求和条件，包括投标有效期。若投标文件中的有效期与招标文件要求不符，可能被视为未实质性响应招标文件，从而面临被否决的风险。

二、实务操作角度

1. 招标人接受与否：在实际操作中，招标人有权根据招标文件的规定和项目的实际需求，决定是否接受投标文件中的120天有效期。若招标人认为这一期限过长或不符合项目进度安排，有权要求投标人修改投标文件或直接否决其投标。

2. 影响评标与定标：投标文件中的有效期过长，可能给招标人的评标与定标工作带来不确定性。例如，在有效期内市场条件可能发生变化，导致原中标条件不再适用；或者延长了招标人完成评标、定标及合同签订工作的时间周期，增加了项目风险。

三、风险与建议

1. 风险：

   • 投标被否决：如前所述，若投标文件中的有效期与招标文件要求不符且未获招标人接受，投标可能被否决。
   • 法律纠纷：若因投标文件中的有效期问题引发争议，可能涉及法律诉讼或仲裁，增加双方的成本和风险。

2. 建议：

   • 严格响应招标文件：投标人在编制投标文件时，应仔细阅读招标文件的所有条款和要求，确保投标文件完全响应招标文件的实质性内容和条件。
   • 与招标人沟通：若投标人认为招标文件中的投标有效期过短或存在其他不合理之处，可在投标前与招标人进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
   • 谨慎设定有效期：在设定投标文件中的有效期时，投标人应充分考虑项目实际情况、市场条件变化以及自身履约能力等因素，确保有效期的设定既符合招标文件要求又切实可行。

总结：虽然投标文件中的有效期长于招标文件要求并不直接违法，但可能引发一系列法律和实务上的问题。因此，建议投标人在编制投标文件时严格响应招标文件的要求，并在必要时与招标人进行沟通协商，以确保招投标活动的顺利进行和双方合法权益的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。