租车合同约定租期三个月但只租了一个月时违约金的计算方式，需根据合同具体条款及法律规定综合判断，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中明确约定了“提前退租需支付X%租金作为违约金”或“按剩余租期租金的Y%赔偿”，则优先按合同执行。例如：合同约定“提前退租需支付剩余2个月租金的30%作为违约金”，则需按此标准计算。
   注意：若违约金过高（如超过实际损失的30%），可依据《民法典》第585条要求法院或仲裁机构调整。

2. 合同未明确约定时
   若合同未约定违约金，但约定了“提前退租需赔偿损失”，则需按实际损失计算，通常包括：

   • 车辆闲置期间的租金损失（如剩余2个月租金）；
     
   • 重新出租的合理费用（如广告费、中介费）；
     
   • 车辆折旧等间接损失（需举证证明）。
     示例：若车辆因提前退租闲置1个月，且月租金为3000元，则损失可能为3000元+合理费用。

3. 合同既无约定违约金也无赔偿条款时
   根据《民法典》第577条，违约方需赔偿守约方“因违约造成的损失”，包括合同履行后可获得的利益。此时需由守约方（租车公司）举证实际损失，若无法举证，可能按行业惯例或法院自由裁量确定赔偿金额。

建议行动步骤：

1. 立即查看租车合同中“违约责任”条款，确认是否有明确约定；
   
2. 若合同有约定，按约定计算并协商支付；若认为过高，可要求调整；
   
3. 若合同无约定，与租车公司协商赔偿金额，或要求其提供实际损失证据；
   
4. 协商不成时，可向法院起诉或申请仲裁，由第三方裁决合理赔偿金额。
   

关键提醒：

• 违约金与赔偿损失不可同时主张，通常选择对守约方更有利的方式；
  
• 租车公司若主张高额赔偿，需提供充分证据（如车辆闲置记录、重新出租合同等）；
  
• 若因疫情等不可抗力导致退租，可依据《民法典》第180条主张部分或全部免责。
  

如有具体合同条款或争议细节，可进一步提供信息，我会帮你详细分析。