结论：免费医学生服务期过后离开是否需要赔付违约金，这主要取决于其与培养单位或相关机构签订的合同中的具体约定。若合同中有明确规定服务期及违约金条款，且该条款合法有效，则医学生可能需要赔付违约金；若合同中无相关规定或规定不合法，则医学生无需赔付。
分析：
合同约定：
- 免费医学生在接受培养时，通常会与培养单位或相关机构签订一份合同，明确双方的权利和义务。这份合同中往往会包含服务期的约定，即医学生在完成学业后需要在指定单位或地区服务一定年限。
- 同时，合同中也可能包含违约金条款，规定如果医学生未按照约定履行服务期，则需要支付一定数额的违约金。
违约金条款的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同中的违约金条款应当合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果违约金条款过高或过低，或者存在其他不合法情形，如显失公平、欺诈、胁迫等，那么该条款可能被认定为无效或可撤销。
服务期履行情况：
- 如果医学生按照合同约定履行了服务期，那么自然无需赔付违约金。
- 如果医学生未按照合同约定履行服务期，且合同中存在合法有效的违约金条款，那么医学生可能需要按照合同约定赔付违约金。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如医学生因不可抗力因素（如重大疾病、意外事故等）无法履行服务期，或者培养单位存在违约行为导致医学生无法继续履行服务期等，医学生可能无需赔付违约金或可以部分免除赔付责任。
建议：
- 对于免费医学生而言，在签订合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于服务期和违约金的约定，确保自己能够理解和接受这些条款。
- 如果对合同条款存在疑问或不确定之处，应及时向培养单位或相关机构咨询并寻求法律意见。
- 在履行服务期过程中，如果遇到特殊情况或困难，应及时与培养单位或相关机构沟通并寻求解决方案，以避免不必要的法律纠纷。
后续行动：
- 如果您是免费医学生且面临此类问题，建议您首先回顾自己与培养单位或相关机构签订的合同，了解其中的具体约定。
- 如果合同中存在违约金条款且您认为该条款不合法或不合理，或者您因特殊情况无法履行服务期，建议您及时咨询专业律师（即我，史亮律师，专注于建设工程、合同纠纷领域）以获取法律意见和帮助。