核心结论：孩子的父亲不在身边时，仍可通过合法程序进行亲子鉴定，但需根据具体情况选择合适的方式并确保程序合法性。以下是具体分析：

1. 父亲配合参与鉴定

• 协商同意：若父亲愿意配合，可通过协商约定时间、地点（如第三方鉴定机构或医院）完成采样。双方需签署《亲子鉴定委托书》，明确鉴定目的（如上户口、确认亲子关系等）。
• 异地采样：若父亲在外地，可联系当地具备司法鉴定资质的机构进行采样，样本（如血液、口腔拭子）通过冷链运输至鉴定中心，确保样本有效性。

2. 父亲拒绝配合时的法律途径

• 起诉确认亲子关系：若父亲拒绝配合且亲子关系存疑，母亲可作为法定代理人，以孩子名义向法院提起确认亲子关系之诉。法院受理后，可依法委托鉴定机构进行强制鉴定（需父亲到庭或通过公告送达程序）。
• 证据要求：起诉时需提供初步证据（如出生证明、共同生活照片、证人证言等），证明存在亲子关系可能性，法院才会启动鉴定程序。

3. 特殊情况处理

• 父亲失联或下落不明：若父亲长期失联，可先向公安机关报案登记，同时收集其他证据（如DNA比对、家族谱系等）辅助证明亲子关系。若需用于落户等，可向当地司法局申请法律援助，通过行政程序解决。
• 隐私保护：若鉴定目的涉及隐私（如非婚生子女确认抚养权），可选择匿名鉴定，但结果仅供个人参考，无法作为法律证据使用。

4. 关键注意事项

• 机构资质：必须选择司法部认证的鉴定机构（可通过司法部官网查询），避免选择无资质的商业机构，否则结果无效。
• 样本真实性：若父亲无法到场，需确保样本采集过程合法（如由公证员见证或医疗机构采样），防止样本被调换。
• 法律后果：若鉴定结果否定亲子关系，父亲可能需承担抚养费返还等法律责任；若确认亲子关系，父亲需履行抚养义务。

建议：具体操作前，建议先梳理现有证据（如出生证明、沟通记录等），并咨询专业律师制定方案，确保程序合法且结果有效。如有进一步疑问，可直接向我提问。