结论：公司规章制度规定旷工超过三日视为自动离职，这一规定本身并不违法，但关键在于该规章制度是否合法有效，以及是否已向劳动者公示。若规章制度合法有效且已公示，公司可依据此规定解除劳动合同；否则，公司不能随意将旷工三天的员工视为自动离职。
详细分析：
法律层面：
- 我国法律并未明确统一规定旷工多少天即构成自动离职。自动离职在法律上并非规范表述，而是通常指劳动者不告而别、无故旷工达到一定合理期限，并表现出不再继续履行劳动合同的意思。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这为用人单位因劳动者旷工而解除劳动合同提供了法律依据，但具体旷工天数需由用人单位在规章制度中明确。
规章制度层面：
- 用人单位有权制定规章制度，包括关于旷工的规定，但这些规章制度必须符合法律规定，不得违反法律法规的强制性规定，且需经过民主程序制定并向劳动者公示。
- 常见的规定是连续旷工3天或累计旷工达到一定天数（如15天）可视为严重违纪行为，并作为解除劳动合同的情形之一。这一规定必须合法、合理且经过公示，才能作为公司解除劳动合同的依据。
规章制度的有效性条件：
- 内容合法合理，不违反法律法规，符合企业管理逻辑和公平原则。
- 经过民主程序制定，通常要求经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
- 已向劳动者公示，通过发放员工手册、组织培训、公告栏张贴等方式确保员工知晓。
自动离职的定义与后果处理：
- 自动离职通常指劳动者未提前通知用人单位，擅自离开工作岗位并强行解除劳动关系的行为。
- 若员工被认定为自动离职，用人单位应依法妥善处理相关手续及工资结算等问题，不得随意克扣员工工资。若用人单位违法解除劳动合同，劳动者有权要求用人单位继续履行劳动合同，或主张违法解除劳动合同的赔偿金。
实际应用中的建议：
对于劳动者：
- 应严格遵守公司的规章制度，按时出勤，以维护自身的合法权益。
- 若认为公司规章制度中存在不合理或不合法的条款，有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 若因旷工被公司解除劳动合同，应了解自身权益，必要时可通过劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应制定合法有效的规章制度，并确保其内容合理、经过民主程序制定且已向劳动者公示。
- 在处理旷工问题时，应依据规章制度进行，避免违法解除劳动合同的法律风险。
- 若需解除劳动合同，应确保有充分证据证明劳动者的旷工事实及规章制度的合法性。
综上所述，公司规章制度规定旷工超过三日视为自动离职，这一规定的合法性取决于规章制度本身是否合法有效且已向劳动者公示。劳动者和用人单位都应充分了解相关法律法规和规章制度，以确保自身权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。