结论：民事诉讼已判决后，若发现存在犯罪事实，依然可以启动刑事案件程序。民事诉讼与刑事诉讼在法律上是独立的两个程序，可并行不悖地进行。
一、民事诉讼与刑事诉讼的独立性
民事诉讼主要解决平等主体之间的民事争议，如合同纠纷、侵权纠纷等，旨在维护民事主体的合法权益，调整民事关系。而刑事诉讼则旨在追究犯罪嫌疑人的刑事责任，由公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人提起公诉，法院依法判决。两者在性质、目的、适用法律、证明标准等方面均存在显著差异，因此，一个案件的民事部分判决并不影响对其中涉及的犯罪行为进行刑事追诉。
二、可以启动刑事程序的常见情形
案件本身涉及刑事犯罪：
- 某些民事纠纷表面上是民事法律关系，实则隐藏刑事犯罪行为。例如，在民间借贷纠纷中，若借款人以非法占有为目的，虚构事实、隐瞒真相骗取他人财物，可能构成诈骗罪。即使民事纠纷已判决，受害人发现诈骗嫌疑后，仍可向公安机关报案，启动刑事诉讼。
民事判决执行阶段涉及犯罪：
- 民事判决执行过程中，也可能出现刑事犯罪行为。如被执行人有能力执行而拒不执行法院判决、裁定，情节严重时，可能构成拒不执行判决、裁定罪。此时，即便民事判决已生效，也可依法追究被执行人的刑事责任。
三、启动刑事程序的法律依据与原则
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十条，任何单位和个人发现有犯罪事实或犯罪嫌疑人，均有权向公安机关、人民检察院或人民法院报案或举报。这表明，即使民事案件已经判决，只要发现犯罪事实，仍可启动刑事程序。
- 处理原则：在处理刑民交叉案件时，虽常遵循“先刑后民”的原则，即民事案件审理需以刑事案件处理结果为依据时，民事案件应中止审理，但这并不妨碍在民事判决后发现犯罪事实时启动刑事程序。
四、实际操作与证据要求
- 证据收集：在具体案件中，是否需要启动刑事诉讼程序，需根据案件具体情况和证据决定。若发现有犯罪事实需追究刑事责任，应及时收集并提交相关证据，如合同、转账记录、聊天记录等，以便公安机关立案侦查并启动刑事诉讼程序。
- 程序启动：公安机关在接到报案或举报后，将进行初步审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，将立案侦查。检察机关在审查公安机关移送的案件材料后，认为犯罪事实清楚、证据确实充分时，将提起公诉。法院在依法审理后，将作出判决。
五、注意事项
- 一事不再理原则：为避免对同一行为进行重复评价，民事判决中已经对侵权行为作出了赔偿等处理的，在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分通常不能重复主张。
- 重新查证原则：即使在民事诉讼中已经认定了一些事实，但这些事实在刑事诉讼中仍需要重新查证属实。民事诉讼中的证据和结论不能直接作为刑事诉讼的定案依据。
总结：民事诉讼已判决后，若发现存在犯罪事实，依然可以启动刑事案件程序。在实际操作中，应根据案件具体情况和证据情况，依法决定是否启动刑事诉讼程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。