结论：货车司机逃逸，车主被判三个月是否会有案底，这主要取决于车主被判处的刑罚性质以及是否被法院正式定罪。若车主被法院正式定罪并判处刑罚（包括三个月的拘役等），则会有案底；若车主未被定罪或仅受到行政处罚，则不会有刑事案底。

分析说明：

1. 案底的定义：

   • 案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院正式定罪并判处刑罚后留下的记录。这种记录会保存在公安机关的系统中，对个人的社会信用、就业、出国等方面可能产生一定影响。

2. 车主被判三个月的可能情况：

   • 如果车主因交通肇事逃逸行为被法院正式定罪，并判处了三个月的拘役（或其他刑罚），那么车主就会有刑事案底。
   • 如果车主虽然涉及交通肇事逃逸，但并未被法院定罪，或者仅受到了行政处罚（如罚款、吊销驾驶证等），而没有受到刑事处罚，那么车主就不会有刑事案底。

3. 交通肇事逃逸的法律后果：

   • 交通肇事逃逸是一种严重的违法行为，不仅可能导致更严重的交通事故后果，还会使肇事者承担更重的法律责任。
   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，交通肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，处三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，处七年以上有期徒刑。当然，具体刑罚还需根据案件的具体情况（如事故后果、逃逸情节等）由法院判定。
   • 如果车主作为肇事者被判刑，那么就会有案底；如果车主并非肇事者，而是车辆的所有者，且未涉及犯罪行为，那么通常不会有案底。但在此案例中，我们假设车主与肇事行为有关联，因此主要讨论车主作为肇事者的情况。

4. 行政处罚与刑事处罚的区别：

   • 行政处罚是针对违法行为的一种制裁措施，如罚款、吊销驾驶证等，它不会留下刑事案底。
   • 刑事处罚则是针对犯罪行为的一种制裁措施，如拘役、有期徒刑等，它会留下刑事案底。

特殊场景：

• 如果车主在交通肇事逃逸案件中扮演了从犯或帮助犯的角色，且被法院定罪并判处刑罚，那么车主同样会有案底。
• 如果车主在事故后积极赔偿受害者、自首或存在其他从轻、减轻处罚的情节，法院可能会酌情减轻其刑罚，但只要被定罪并判处刑罚，就会有案底。

建议与行动：

• 如果您或您身边的人涉及交通肇事逃逸案件，建议尽快咨询专业律师（即我，万继德律师），了解具体的法律后果和应对策略。
• 在案件处理过程中，应积极配合公安机关和法院的调查和审判工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 如果可能的话，尽量争取与受害者达成和解，以减轻法律后果和修复社会关系。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。