在处理妨害公务罪案件时，如果遇到事实不清、证据不足的情况，司法机关会遵循一系列严谨的法律程序与原则来确保司法的公正与准确。以下是对这一问题的详细解答：

一、总体原则

在刑事诉讼中，面对妨害公务罪事实不清、证据不足的情形，司法机关会严格秉持“疑罪从无”的原则。这一原则意味着，在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，应视为被告人无罪，从而避免冤枉无辜，同时也确保不放过真正的罪犯。这一原则贯穿于侦查、审查起诉及审判等各个诉讼阶段。

二、各诉讼阶段的具体处理方式

1. 侦查阶段：

   • 补充侦查：公安机关在侦查过程中，如果发现对犯罪嫌疑人涉嫌妨害公务罪的侦查工作存在事实不清、证据不足的问题，会继续进行补充侦查。这包括询问证人、讯问犯罪嫌疑人、勘查现场、进行鉴定等多种侦查手段，以进一步查明案件事实，完善证据链条。

2. 审查起诉阶段：

   • 退回补充侦查：人民检察院在审查公安机关移送起诉的妨害公务罪案件时，如果认为事实不清、证据不足，可以将案件退回公安机关补充侦查，或者自行进行侦查。退回补充侦查的次数以二次为限，每次期限为一个月。补充侦查后，人民检察院会重新计算审查起诉期限。
   • 不起诉决定：经过补充侦查，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，会依法作出不起诉决定。这包括据以定罪的证据存在疑问、犯罪构成要件事实缺乏必要证据、证据间矛盾无法合理排除、根据证据得出的结论具有其他可能性等情况。特别是对于二次退回补充调查或侦查的案件，如果仍认为证据不足，经检察长或检察委员会讨论决定，会作出不起诉决定。

3. 审判阶段：

   • 建议补充侦查：在法庭审判过程中，如果检察人员发现提起公诉的妨害公务罪案件证据不足，需要补充侦查，可以提出建议，人民法院可以延期审理。人民检察院应在一个月内补充侦查完毕。
   • 无罪判决：如果经过法庭审理，合议庭对证据进行全面审查判断后，认为证据不足，不能认定被告人有罪，会依法作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决，宣判被告人无罪。

三、总结与强调

“事实不清、证据不足”在刑事诉讼中是一个至关重要的问题，它要求司法机关在处理案件时必须严格遵守法律程序，确保证据的真实性与充分性。通过侦查、审查起诉及审判等各个阶段的审慎处理，既能保障公民的合法权益不受错误追究，又能确保司法的公正性与准确性。在处理妨害公务罪等刑事案件时，司法机关应始终坚守“疑罪从无”的原则，确保每一个判决都经得起法律的检验。

希望以上解答能够为您提供清晰、详细、有深度的信息，帮助您更好地理解妨害公务罪证据不足时的处理方式。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。