业主单位可采取以下措施处理施工单位中途倒闭的情况：

1. 核查合同条款
   首先需审查施工合同中关于“合同解除”“违约责任”“工程款支付”等核心条款。若合同明确约定了因承包人破产或丧失履约能力时的处理方式（如业主有权解除合同、要求赔偿损失、接管工程等），应优先依据合同约定主张权利。例如，若合同约定“承包人破产时业主可单方解除合同并扣留履约保证金”，则业主可直接依据该条款终止合作。

2. 固定现有工程成果
   立即对已完工部分进行质量检测、工程量核算及证据固定（如拍照、录像、委托第三方鉴定），避免因施工单位倒闭导致证据灭失。若已完工部分存在质量问题，需在合同解除前要求施工单位整改；若其拒绝整改，可依据《民法典》第801条主张质量瑕疵担保责任，要求减少工程款支付或赔偿损失。

3. 处理未完工程

   • 重新招标：若工程需继续推进，业主可依据《招标投标法》及合同约定，通过公开招标或邀请招标方式选择新施工单位。需注意，若原合同为固定总价合同，重新招标可能导致成本增加，业主可要求原施工单位承担差价损失（需在合同中明确约定）。
     
   • 直接发包：若工程规模较小或情况紧急，业主可直接与具备资质的施工单位签订补充协议，但需确保程序合法（如经内部审批、避免利益输送）。
     
   • 自行施工：若业主具备施工能力，可依据《民法典》第793条主张“参照合同关于工程价款的约定折价补偿”，但需承担自行施工的合法性风险（如是否需施工资质）。

4. 追偿损失

   • 向施工单位追偿：若施工单位倒闭但未进入破产程序，业主可依据《民法典》第577条要求其继续履行合同、赔偿损失（如工期延误损失、重新招标费用等）。
     
   • 申报破产债权：若施工单位已进入破产程序，业主需在破产管理人确定的债权申报期限内，提交合同、付款凭证、损失证明等材料申报债权。根据《企业破产法》第113条，工程款债权属于优先债权（仅次于破产费用和共益债务），但需注意优先权范围仅限于“职工工资、税款、普通破产债权”之前的有限顺序，且需以建设工程价款优先受偿权为前提（依据《民法典》第807条）。
     
   • 向保证人或担保方追偿：若合同中有第三方担保（如履约保证金、银行保函、第三方连带责任保证），业主可直接要求担保方承担责任。

5. 防范后续风险

   • 要求新施工单位提供担保：在重新招标或直接发包时，要求新施工单位提供履约保证金、预付款保函或第三方担保，降低再次违约风险。
     
   • 完善合同条款：在后续合同中明确约定“承包人破产或丧失履约能力时的处理方式”（如业主有权解除合同、扣留保证金、要求赔偿全部损失等），并增加“工程款支付条件与工程进度挂钩”的条款，避免资金风险。
     
   • 关注施工单位资质与信用：在招标阶段严格审查施工单位资质、财务状况及历史业绩，优先选择信用良好、资金实力强的企业。

提示：若施工单位倒闭涉及恶意转移资产、虚假破产等情形，业主可依据《企业破产法》第31-33条向法院申请撤销相关行为（如无偿转让财产、以明显不合理价格交易等），并追究相关人员责任。具体操作需结合案件细节，建议业主单位在处理过程中及时咨询专业律师，确保程序合法、证据充分。