关于农村宅基地办房产证收取6000元是否合法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
若6000元为合理行政收费：
- 在办理农村宅基地房产证的过程中，确实可能涉及一些行政性收费，如登记费、工本费等。这些费用通常由相关部门根据当地的经济水平、办理成本等因素制定，并会进行公示。
- 如果6000元是这些合理行政收费的总和，且已经过相关部门的批准和公示，那么收取这笔费用是合法的。但这种情况较为少见，因为通常这类费用不会高达6000元，具体还需根据当地的实际收费标准来判断。
若6000元为不合理收费或乱收费：
- 如果6000元并非基于合理的行政收费标准，而是某些部门或个人擅自设立的收费项目，或者收费标准远高于当地公示的标准，那么这种收费就是不合法的。
- 乱收费行为可能违反了《中华人民共和国价格法》、《中华人民共和国行政许可法》等相关法律法规，被收费人有权拒绝支付，并可以向相关部门投诉或举报。
关于如何判断收费是否合法：
- 查询当地公示的收费标准：你可以通过当地政府官网、相关部门公告或咨询当地村委会等方式，查询农村宅基地房产证办理的具体收费标准。
- 要求收费方出示收费依据：在支付费用前，你有权要求收费方出示相关的收费文件或依据，以确认收费的合法性和合理性。
- 保留好相关证据：如果支付了费用，务必保留好收据、发票等证据，以便在后续出现问题时进行维权。
给你的建议：
- 在面对此类收费时，务必保持警惕，不要轻易支付未经确认的费用。
- 如果对收费有疑问或认为收费不合理，可以及时向当地相关部门咨询或投诉。
- 如果已经支付了不合理费用，可以依据相关法律法规和证据，向收费方要求退还，并可以向相关部门举报其乱收费行为。
最后需要强调的是，农村宅基地房产证的办理是一个涉及法律法规和行政程序的复杂过程，如果你在办理过程中遇到任何问题或疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。