二次起诉后对方撤诉，案件通常会终结，但具体影响需结合撤诉原因、阶段及双方后续行为综合判断。以下分情况详细说明：

1. 撤诉的法律后果：案件终结，但可能留有“痕迹”

• 程序终结：根据《民事诉讼法》第148条，原告撤诉后，法院会裁定“准予撤诉”，案件正式终结，法院不再继续审理。
• 再诉限制：若撤诉是因原告主动放弃权利（如证据不足、达成和解等），原告通常可在6个月后再次起诉（部分案件如离婚诉讼可能无此限制）。但若撤诉是因法院认为原告证据不足或诉讼目的不正当（如恶意诉讼），再次起诉时法院可能更严格审查。
• 诉讼费承担：撤诉案件的诉讼费通常由原告承担（法院可能退还一半），若因被告行为导致撤诉（如威胁原告），法院可能酌情调整费用分担。

2. 撤诉原因不同，影响差异显著

• 原告主动撤诉：
  • 和解或妥协：双方可能私下达成协议（如赔偿、履行义务），原告为避免诉讼成本选择撤诉。此时需注意协议是否留有书面证据，以防对方反悔。
  • 证据不足：原告可能因关键证据缺失（如未取证、证人未到庭）选择撤诉，待补充证据后再次起诉。此时需评估证据补充的可行性，避免重复诉讼浪费资源。
• 被告行为导致撤诉：
  • 威胁或干扰：若被告通过威胁、贿赂等方式迫使原告撤诉，原告可向法院说明情况，法院可能对被告采取罚款、拘留等措施，甚至支持原告再次起诉。
  • 履行义务：被告在诉讼中主动履行义务（如还款、道歉），原告为“息事宁人”选择撤诉。此时需确认履行是否彻底，避免后续纠纷。

3. 撤诉后的潜在风险与应对

• 对方反悔：若撤诉后对方未履行承诺（如未赔偿、未道歉），原告需在诉讼时效内再次起诉（普通诉讼时效为3年）。建议撤诉时要求对方签署书面协议，明确履行期限和违约责任。
• 证据灭失：撤诉后，部分证据（如证人记忆、物证保存）可能因时间推移而灭失，影响再次起诉的胜诉率。建议撤诉前固定关键证据（如公证、录音录像）。
• 法院审查更严：若原告多次撤诉后再次起诉，法院可能认为其滥用诉讼权利，从而更严格审查诉讼请求的合理性，甚至驳回起诉。

4. 特殊情形：离婚诉讼中的撤诉

• 第一次撤诉后：根据《民法典》第1079条，离婚诉讼中，若原告撤诉或被按撤诉处理后，无新情况、新理由，原告需在6个月后才能再次起诉。
• 第二次起诉的效力：若第一次撤诉后6个月内再次起诉，且无新证据或理由，法院可能认为夫妻感情未破裂，判决不准离婚。但若存在家暴、分居满2年等法定情形，法院可能直接判决离婚。

建议：若您面临对方撤诉的情况，需结合撤诉原因、案件阶段及双方行为综合判断后续策略。若有具体案件细节（如撤诉时间、原因、协议内容等），可进一步向我咨询，我会根据实际情况为您制定应对方案。