结论：若因他人行为导致您的羊群感染，您可以通过民事诉讼的方式追究对方的侵权责任，要求赔偿损失。以下是具体的分析和建议：
一、法律背景与依据
侵权责任法原理：
- 根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。这包括因故意或过失导致他人财产损失的情况。
动物防疫与赔偿：
- 如果对方的行为违反了动物防疫的相关规定，如未采取必要的防疫措施导致疫情传播，那么对方不仅可能面临行政处罚，还可能因侵权行为承担民事赔偿责任。
二、起诉前的准备
收集证据：
- 感染证明：收集兽医出具的羊群感染诊断书、治疗记录等，证明羊群确实感染了疾病。
- 因果关系证明：收集证据证明羊群感染是由对方的行为直接导致的，如对方羊群与您的羊群有接触史、对方未采取防疫措施等。
- 损失证明：计算因羊群感染导致的直接经济损失，如治疗费用、死亡羊只的价值、预期收益的减少等。
确定被告：
- 明确导致您羊群感染的具体责任人，可能是个人、养殖场或其他组织。
咨询律师：
- 在起诉前，建议咨询专业律师，对证据进行评估，了解诉讼风险和可能的赔偿金额。
三、起诉流程
撰写起诉状：
- 起诉状应包括原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由、证据和证据来源等。
提交法院：
- 将起诉状及相关证据提交至有管辖权的人民法院，通常是被告住所地或侵权行为发生地的法院。
参与诉讼：
- 按照法院的通知参与庭审，包括出庭陈述、举证、质证等环节。
等待判决：
- 法院将根据双方提供的证据和法律规定作出判决，判决可能包括赔偿金额、支付方式等。
四、可能遇到的法律问题及建议
因果关系认定：
- 对方可能否认其行为与羊群感染之间的因果关系。此时，您需要提供充分的证据证明两者之间的关联，如专家鉴定意见、现场勘查报告等。
赔偿金额计算：
- 赔偿金额的计算可能涉及多个方面，如治疗费用、死亡羊只的价值、预期收益的减少等。建议咨询专业律师或会计师，确保赔偿金额的准确性和合理性。
诉讼时效：
- 注意诉讼时效的问题，根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
五、后续行动建议
加强防疫措施：
- 在诉讼过程中，加强羊群的防疫措施，防止疫情进一步扩散，减少损失。
关注对方动态：
- 关注对方的行为动态，如对方是否采取补救措施、是否转移财产等，以便及时采取应对措施。
执行判决：
- 如果法院判决对方承担赔偿责任，但对方拒不履行，您可以向法院申请强制执行，确保判决得到有效执行。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细的法律建议和指导。