结论前置：

1. 旷工一天扣两天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
2. 用人单位在处理旷工问题时，应遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。

详细分析：

一、法律依据与劳动者权益

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律框架。旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除两天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。

二、企业规章制度的合法性

用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理。然而，这些规章制度必须符合法律规定，经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如“旷工一天扣两天工资”这种明显不合理的规定），那么该规定对劳动者不具有法律效力。

三、经济损失与赔偿

如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持，而不是简单地以扣两天工资这种明显不合理的方式进行。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

四、合法合理的处理方式

对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。例如，可以规定旷工一天扣除当天工资，并视情节轻重给予相应的纪律处分，但不能直接扣除两天的工资。

五、劳动者的维权途径

如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。

建议与总结：

• 用人单位：在制定和执行规章制度时，应确保规定的公平、公正和合理，避免侵犯劳动者的合法权益。对于旷工等违纪行为，应采取合法、合理的处理方式，如警告、罚款（在法定限额内）、解除劳动合同等。
• 劳动者：应了解自己的权益，遇到不合法情况时及时采取措施维护自身权益。如果认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼。

总之，旷工一天扣两天工资的做法在法律上并非绝对合法，而是取决于具体的企业规章制度、劳动合同的约定以及扣罚方式的合理性和合法性。用人单位在制定和执行相关规定时，应谨慎考虑各方面因素；劳动者也应了解自己的权益，共同维护和谐的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。