耕种土地确权纠纷的处理权限归属，主要依据纠纷的性质、涉及的土地类型以及相关法律法规来确定，一般可由乡镇人民政府、县级以上地方人民政府农业行政主管部门、农村土地承包仲裁委员会或人民法院来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、处理权限的划分原则
一般原则：
- 土地所有权和使用权争议，首先由当事人协商解决；协商不成的，再由人民政府处理。
- 单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
特殊情形：
- 跨行政区域的土地权属争议，由争议各方共同的上一级人民政府或指定的机关处理。
- 在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状，以避免纠纷进一步复杂化。
二、具体处理权限归属
乡镇人民政府：
- 作为基层政府，乡镇人民政府在农村土地承包经营权确权登记颁证工作中扮演着重要角色。
- 当发生土地确权纠纷时，当事人可以首先向所在村集体经济组织或村民委员会提出书面申请，要求调解解决。如果村集体经济组织或村民委员会无法调解或调解不成，当事人可以向乡镇人民政府申请调解。乡镇人民政府会依法进行调解，并制作调解书。
县级以上地方人民政府农业行政主管部门：
- 县级以上地方人民政府农业行政主管部门（如农业农村局）负责指导、监督和管理本行政区域内的农村土地承包经营权确权登记颁证工作。
- 对于乡镇人民政府调解不成的土地确权纠纷，当事人可以向县级以上地方人民政府农业行政主管部门申请仲裁。农业行政主管部门会依法组织仲裁庭进行审理，并作出裁决。
农村土地承包仲裁委员会：
- 农村土地承包仲裁委员会是依据《中华人民共和国农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》设立的专门机构，负责处理农村土地承包经营纠纷。
- 当事人对农业行政主管部门的仲裁结果不服的，或者不愿意通过调解、仲裁方式解决的，可以直接向人民法院提起诉讼。但在提起诉讼前，也可以直接向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会会依法进行审理，并作出具有法律效力的裁决。
人民法院：
- 人民法院是国家的审判机关，负责审理各类民事案件，包括农村土地承包经营权确权纠纷。
- 当事人对农村土地承包仲裁委员会的裁决不服的，可以在收到裁决书之日起三十日内向人民法院起诉。人民法院将依法进行审理，并作出判决。
三、处理流程与注意事项
申请与受理：
- 当事人应向有管辖权的政府部门或机构提出土地确权申请，并提交相关证据材料。
- 政府部门或机构在收到申请后，应进行审查并决定是否受理。
调查与处理：
- 政府部门或机构应组织专业人员进行实地调查核实，收集证据材料。
- 根据调查结果和相关法律法规，作出处理决定或调解意见。
执行与监督：
- 处理决定或调解意见生效后，当事人应自觉履行。
- 政府部门或机构应对处理决定的执行情况进行监督检查，确保纠纷得到妥善解决。
在处理耕种土地确权纠纷时，建议当事人首先尝试通过协商或调解解决纠纷，以节省时间和成本。如果协商或调解不成，再根据纠纷的性质和涉及的土地类型，选择向相应的政府部门或机构申请仲裁或提起诉讼。如果你在处理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。