针对您提出的“刑事案件立案超期办案人怎么处理”的问题，这是一个涉及司法公正与效率的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、超期立案的明确结论
对于刑事案件立案期限超期的情况，必须依据超期的原因、性质及后果，采取针对性的措施进行纠正和救济。这是为了确保司法程序的顺利进行，以及当事人权益的有效保护。
二、超期原因及性质分析
合法超期：
- 若因证据收集、鉴定等合法原因导致的超期，办案机关应依法延长办案期限，并及时向当事人说明情况，确保透明度和公正性。
无实质性进展：
- 对于长时间未有实质性进展的案件，办案机关应重新评估案件线索，加强侦查力度，或考虑撤销案件并向当事人解释原因，避免案件久拖不决。
不符合侦查条件：
- 若案件已超期且不符合继续侦查条件，办案机关应及时撤销案件，并告知当事人相关权利，如申请复议或提起自诉等。
违法超期：
- 对于违反法律规定导致的超期，必须依法追究相关责任人的责任，并采取补救措施，如重新立案、赔偿损失等，以维护司法公正和当事人权益。
三、不同主体的处理措施
公安机关：
- 内部监督纠正：上级公安机关应通过执法质量考核评议、执法检查等活动，对下级公安机关的超期立案问题进行监督和纠正。法制部门也应对本机关办理的案件进行审核把关，及时发现并纠正超期立案问题。
- 人民检察院监督：公安机关应接受人民检察院的法律监督，对于人民检察院要求说明不立案理由或通知立案的，必须及时回应并执行。
- 当事人救济：当事人可以向作出不立案决定的公安机关申请复议、复核，或向人民检察院提出申诉，以寻求法律救济。
人民检察院：
- 内部纠错机制：人民检察院应建立严格的办案流程和监督体系，对超期立案问题进行自查自纠。办案部门的上级领导或检务督察等部门应介入调查，并要求办案人员说明情况，及时纠正错误。
- 申诉与控告处理：犯罪嫌疑人、被害人等相关人员可以向人民检察院提出申诉或控告，由控告申诉检察部门进行审查和处理。对于确实存在超期立案问题的案件，应责令相关部门依法及时立案。
人民法院：
- 自查自纠：人民法院应通过案件流程管理系统等信息化手段，对立案期限进行监控和预警。一旦发现超期立案问题，应立即进行自查自纠，并按照法律规定的期限对符合立案条件的自诉案件予以立案受理。
- 当事人权利救济：自诉人可以向该法院或其上一级人民法院提出申诉或投诉。上一级人民法院接到申诉或投诉后，应进行审查，并指令下级人民法院依法立案或对相关情况进行监督处理。
四、超期立案的救济方式
- 申请复议：向决定不予立案或超期未处理的公安机关申请复议，要求重新审查案件并给出明确答复。
- 立案监督：请求人民检察院进行立案监督，利用检察机关的法律监督职能推动案件进展。
- 提起自诉：在符合自诉案件条件的情况下，直接向法院提起自诉，通过司法途径维护自身权益。
- 申请国家赔偿：对于因超期立案造成的损害，受害人可依法申请国家赔偿，以弥补因司法程序不当造成的损失。
五、整改措施与建议
- 加强培训：提高办案人员的法律素养和业务能力，确保他们能够熟练掌握并严格执行相关法律法规和办案程序。
- 改进作风：强化办案人员的责任意识和服务意识，确保他们能够严格按照法定程序办案，注重效率和质量并重。
- 内部监督：建立健全内部监督机制和管理制度，加强对办案过程的监督和检查力度，及时发现并纠正超期立案等问题。
- 自查自纠：鼓励办案机关和办案人员主动进行自查自纠，对于发现的超期立案等问题要及时采取措施进行整改和处理。
综上所述，刑事案件立案期限超期的处理需要综合考虑多种因素，并采取针对性的措施进行纠正和救济。通过加强培训、改进作风、内部监督和自查自纠等措施的实施，可以有效减少超期立案问题的发生，确保司法程序的顺利进行和当事人权益的有效保护。