销售假冒注册商标的商品的运输成本，在计算非法经营额时，通常会被计入其中。以下从几个方面进行详细分析：

一、非法经营额的计算原则

非法经营额是指侵权人在实施商标侵权行为过程中，所涉及的商品或服务的总价值。这通常包括侵权商品的销售价格、未销售侵权商品的库存价值以及因侵权行为所产生的其他相关费用。运输成本作为侵权商品从生产地到销售地或储存地的过程中所产生的必要费用，属于侵权行为的一部分，因此，在计算非法经营额时，应当将其纳入考虑范围。

二、运输成本计入非法经营额的法律依据

虽然具体的法律条文可能并未直接提及运输成本应计入非法经营额，但根据《中华人民共和国商标法》及相关司法解释的精神，非法经营额的计算应当全面、准确地反映侵权行为的规模和危害程度。运输成本作为侵权行为过程中的一项重要支出，直接关联到侵权商品的流通和销售，因此，将其计入非法经营额是合理且必要的。

三、运输成本计入非法经营额的实践操作

在实际操作中，执法机关或司法机关在计算非法经营额时，会综合考虑多种因素，包括侵权商品的销售价格、数量、运输成本等。运输成本的具体数额可能会根据侵权行为的实际情况、相关证据以及市场行情等因素进行合理估算。例如，如果侵权人能够提供详细的运输费用发票或合同等证据，那么这些费用将作为计算非法经营额的重要依据。

四、特殊情况下的处理

当然，也存在一些特殊情况，如运输成本过高或过低、运输过程中存在特殊情况等，这些可能会影响运输成本在非法经营额中的计算比例。但无论如何，运输成本作为侵权行为的一部分，其计入非法经营额的原则是不变的。只是在具体计算时，可能需要根据实际情况进行适当调整。

建议：

• 对于侵权人而言，应当认识到运输成本在非法经营额计算中的重要性，避免在侵权行为中过度投入运输成本，以降低法律风险。
• 对于被侵权人而言，在维权过程中，应当积极收集相关证据，包括运输费用发票、合同等，以便在计算非法经营额时能够提供有力支持。
• 如果在具体案件中遇到运输成本计算方面的争议或疑问，建议及时咨询专业律师或相关执法机关，以获取准确、权威的法律意见。

如有其他关于知识产权、专利权领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。