针对您提出的“校车违反运输规定怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规和具体案例，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，校车作为承载学生上下学的重要交通工具，其安全运营至关重要。因此，对于校车违反运输规定的行为，相关法律法规都制定了严格的处罚措施。
一、法律法规依据
《校车安全管理条例》：这是校车管理的基本法规，其中第五十五条明确规定，学校违反本条例规定的，除依照本条例有关规定予以处罚外，由教育行政部门给予通报批评；导致发生学生伤亡事故的，对政府举办的学校的负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分；对民办学校由审批机关责令暂停招生，情节严重的，吊销其办学许可证，并由教育行政部门责令负有责任的领导人员和直接责任人员5年内不得从事学校管理事务。
《广东省实施〈校车安全管理条例〉办法》：该办法第四十二条指出，取得校车使用许可的学校、校车服务提供者违反本办法规定，情节严重的，原作出许可决定的地方人民政府或者其委托的行政机关可以吊销其校车使用许可，由公安机关交通管理部门收回校车标牌。
地方性实施细则：如《广州市实施〈校车安全管理条例〉办法》等，这些细则通常会对校车管理提出更具体的要求，并明确相应的处罚措施。例如，该办法中规定了对校车交通违法行为达到一定次数的处理建议，以及对存在安全隐患不按时整改或一年内校车有多次违法行为的学校的处罚措施。
二、具体处罚措施
通报批评与处分：对于违反校车安全管理规定的学校，教育行政部门会给予通报批评。如果导致发生学生伤亡事故，还会对相关责任人员进行处分。
吊销许可与收回标牌：对于情节严重的违法行为，如多次违反规定或造成严重后果的，原作出许可决定的地方人民政府或其委托的行政机关可以吊销校车使用许可，并由公安机关交通管理部门收回校车标牌。
罚款与扣留车辆：对于校车道路交通安全违法行为，公安机关交通管理部门会依法进行处罚，包括罚款、扣留车辆等。在消除违法行为的前提下，可以先予放行校车以完成接送学生任务，但事后仍需对校车驾驶人进行处罚。
信用记录与年检不合格：对于存在违法行为的学校和校车服务提供者及其法定代表人，教育行政管理部门会将其纳入信用记录。对于民办学校，如果一年内使用的校车有多次违法行为，还会直接判定年检不合格、减少招生名额或停止当年度财政资金资助。
三、实际案例参考
虽然您提供的参考信息中主要涉及货运车辆超限运输的案例，但校车违反运输规定的处罚原则与之类似，都是依据相关法律法规对违法行为进行严厉打击。例如，如果校车超载、超速或违反其他交通规定，公安机关交通管理部门会依法进行处罚，并可能涉及吊销许可、收回标牌等更严厉的措施。
四、建议与总结
为了确保校车的安全运营，我建议您：
总之，校车违反运输规定的处罚是严厉的，旨在保障学生的生命安全和身体健康。希望您能严格遵守相关规定，共同维护良好的道路运输市场秩序。