校车非法营运的处罚主要依据《校车安全管理条例》及《道路运输条例》等相关法律法规，具体处罚措施需根据违法情节的严重程度确定，主要包括罚款、没收违法所得、扣留车辆、吊销许可证等行政处罚，情节严重的可能涉及刑事责任。以下从不同角度详细说明：

1. 行政处罚措施
   根据《校车安全管理条例》第四十五条，使用未取得校车标牌的车辆提供校车服务，或使用未取得校车驾驶资格的人员驾驶校车的，由公安机关交通管理部门扣留该机动车，处1万元以上2万元以下的罚款，有违法所得的予以没收。
   若同时违反《道路运输条例》中关于非法营运的规定（如未取得道路运输经营许可擅自从事客运经营），根据第六十三条，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营，有违法所得的没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下罚款；无违法所得或违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

2. 对驾驶人的处罚
   若驾驶人未取得校车驾驶资格，根据《校车安全管理条例》第四十七条，由公安机关交通管理部门处1000元以上3000元以下罚款，情节严重的吊销机动车驾驶证。
   若驾驶人同时存在超员、超速等违法行为，将依据《道路交通安全法》相关规定叠加处罚，例如超员20%以上的，处500元以上2000元以下罚款并扣分。

3. 对学校的处罚
   若学校或校车服务提供者使用非法营运车辆，教育行政部门将依据《校车安全管理条例》第五十三条，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

4. 刑事责任风险
   若非法营运行为导致重大交通事故（如致人重伤、死亡或重大财产损失），可能触犯《刑法》第一百三十三条的交通肇事罪或第一百三十五条的重大责任事故罪，责任人将面临三年以下有期徒刑或拘役，情节特别恶劣的处三年以上七年以下有期徒刑。

建议：校车运营需严格遵守“三证一牌”制度（校车使用许可、校车标牌、校车驾驶资格、车辆安全技术检验），建议定期自查合规性。若您遇到具体案件或需进一步分析违法情节，可直接向我咨询，我会结合证据材料提供针对性建议。