保密协议若涉及违法活动，则该部分条款无效，且可能影响整个协议的效力。以下是对此问题的详细分析：
一、保密协议的基本法律效力
保密协议，作为合同的一种特殊形式，其法律效力取决于是否满足法律规定的构成要件。根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，有效的民事法律行为必须满足以下条件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：协议双方必须具备签订保密协议的民事行为能力，如无民事行为能力人签署的保密协议无效。
- 意思表示真实：双方签订保密协议必须基于真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：保密协议的内容必须合法合规，不得违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
二、涉及违法活动的保密协议条款无效
法律基本原则与强制性规定：
- 我国法律体系的基本原则明确要求维护社会公共利益和保障法律的正确实施。因此，任何违法活动，作为破坏法律秩序和社会公共利益的行为，均不应受到保密保护。
- 根据《中华人民共和国刑法》等法律，惩罚犯罪、保护人民和维护社会秩序是立法目的，允许对违法活动保密将严重损害法律权威性和公正性。
- 若保密协议中包含对违法活动的保密条款，该条款因违反法律强制性规定和公序良俗而无效。
保密协议的合法性要求与商业秘密定义：
- 保密协议的有效性建立在合法基础之上，其保护的应是合法且具有商业价值的秘密信息，如技术信息、经营信息等。
- 《中华人民共和国反不正当竞争法》第九条明确指出，商业秘密特指合法且受保护的商业信息，不包括违法活动的秘密。
三、涉及违法活动的保密协议可能引发的法律后果
民事责任：
- 若保密协议中部分条款因涉及违法活动而无效，但其他部分仍然有效，违约方可能仍需承担其他部分的违约责任，如赔偿因违约行为造成的损失。
- 若整个保密协议因涉及违法活动而被认定为无效，则双方可能需根据过错程度分担因协议无效而造成的损失。
行政责任与刑事责任：
- 若保密协议涉及违法活动，如泄露国家秘密、侵犯商业秘密等，违约方可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 在严重情况下，违约方还可能构成犯罪，如侵犯商业秘密罪、故意泄露国家秘密罪等，需承担刑事责任。
四、实际案例与启示
- 案例：某公司员工与公司签订保密协议，但协议中包含对公司违法活动的保密条款。后来，该员工因不满公司待遇而向相关部门举报了公司的违法活动。在此情况下，该保密协议中涉及违法活动的条款无效，员工举报行为不构成违约。
- 启示：在签订保密协议时，双方应明确保密的内容、范围、期限以及违约责任等条款，并确保这些内容完全符合法律法规的要求。对于试图通过保密协议掩盖违法行为的做法，不仅协议条款无效，还可能引发更严重的法律责任。
总结来说，保密协议若涉及违法活动，则该部分条款无效，且可能影响整个协议的效力。在签订和执行保密协议时，双方应严格遵守法律法规，确保协议的合法性和有效性。若您在保密协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。