非法运输烟草的立案标准是一个综合考量多方面因素的过程，主要依据《中华人民共和国刑法》、《最高人民法院、最高人民检察院关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，以及《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》等相关法律法规。以下是对非法运输烟草立案标准的详细解析：
一、非法经营罪立案标准
非法经营数额与违法所得：
- 若非法运输烟草专卖品进行经营活动，且非法经营数额在五万元以上，或违法所得数额在二万元以上的，应予立案追诉。这意味着，只要非法运输烟草的销售额或利润达到上述标准，就可能构成非法经营罪。
非法运输卷烟数量：
- 非法运输卷烟二十万支以上（即一百件，每1万支为1件）的，应当立案处理。此外，如果非法运输的烟草专卖品价值超过十万元，也会触发立案标准。
前科情况：
- 若行为人曾因非法经营烟草专卖品三年内受过二次以上行政处罚，再次非法经营且数额在三万元以上的，同样会被立案追诉。这体现了法律对屡教不改者的严厉打击。
其他情节严重情形：
- 包括抗拒烟草专卖行政主管部门的行政执法行为，造成恶劣社会影响或严重后果的，以及其他由法律法规规定的情节严重的情况。
二、走私罪立案标准
- 如果非法运输烟草是为了走私，逃避海关监管，偷逃应纳税款或逃避国家有关进出境的禁止性、限制性管理，且偷逃应缴税额在十万元以上不满五十万元的，属于“偷逃应缴税额较大”的情形，应以走私普通货物、物品罪立案追诉。走私烟草不仅涉及非法运输，还涉及逃避国家税收和监管，因此处罚更为严厉。
三、生产、销售伪劣产品罪立案标准
- 若运输的烟草是伪劣产品，且销售金额达到五万元以上的，会按照生产、销售伪劣产品罪立案追诉。对于尚未销售的伪劣烟草制品，若货值金额达到十五万元以上的，也以生产、销售伪劣产品罪（未遂）定罪处罚。这体现了法律对伪劣产品的严厉打击，无论是否销售，只要货值金额达到标准，就可能构成犯罪。
四、其他相关犯罪与特殊情况
- 非法收购、运输明知是盗窃、抢夺的烟草专卖品，或者参与倒卖烟草专卖品，情节严重的行为，也可能构成犯罪并需要立案追诉。
- 运输烟草专卖品必须持有烟草专卖行政主管部门签发的准运证。无准运证运输烟草专卖品的，将依法进行查处，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 承运人明知是烟草专卖品而为无准运证的单位、个人运输的，也将受到相应的法律责任追究。
- 在司法实践中，除了上述明确的数量和金额标准外，还会综合考虑其他因素，如运输的目的、是否存在团伙作案、是否对社会造成严重危害等。
总结与建议：
非法运输烟草的立案标准涉及多个方面，包括非法经营的数额、数量、前科情况、行为的恶劣程度，以及是否涉及走私、伪劣产品等。由于法律条款复杂且多变，如果您或他人涉嫌非法运输烟草，建议及时咨询专业律师，以便准确了解相关法律风险和责任，并采取适当的应对措施。同时，也提醒广大市民，务必遵守国家法律法规，不要从事任何非法运输烟草的活动。