公司骗取国家补贴，员工是否有罪需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、员工可能构成共同犯罪的情况
如果员工明知公司正在实施骗取国家补贴的行为，仍然积极参与其中，如伪造申请材料、提供虚假信息、协助公司隐瞒真相等，那么员工就可能与公司构成共同犯罪，以诈骗罪论处。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑法》第二百六十六条规定：“诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。”
举例：
- 某公司为了骗取科技创新补贴，指使员工伪造研发成果报告、虚报项目进度等。员工明知这些行为是虚假的，仍然按照公司要求执行，并成功骗取了补贴资金。在这种情况下，员工就可能与公司构成共同犯罪，承担诈骗罪的刑事责任。
二、员工可能不构成犯罪的情况
不知情或未参与：
- 如果员工对公司的骗取行为毫不知情，或者虽然知情但并未参与其中，那么员工就不构成犯罪。
被胁迫或诱骗参与：
- 如果员工是在被胁迫或诱骗的情况下参与公司的骗取行为，且能够证明自己的行为是出于无奈或受到欺骗，那么员工也可能不构成犯罪，或者可以从轻、减轻处罚。
职务行为与犯罪行为区分：
- 如果员工只是按照公司的正常工作流程和职责要求执行任务，并未直接参与骗取行为，且没有从中获取非法利益，那么员工的行为可能属于职务行为，不构成犯罪。
三、特殊情形下的责任认定
国家工作人员或受委托管理国有财产的人员：
- 如果员工具有国家工作人员身份或受委托管理国有财产，且利用职务便利骗取国家补贴，那么其行为可能构成贪污罪，而非诈骗罪。贪污罪的刑罚通常更为严厉。
单位犯罪中的个人责任：
- 如果公司被认定为单位犯罪，那么员工作为直接负责的主管人员或其他直接责任人员，可能需要承担相应的刑事责任。但具体责任大小需根据员工在犯罪中的地位、作用等因素综合判断。
四、法律建议
增强法律意识：
- 员工应增强法律意识，了解骗取国家补贴行为的违法性和严重性，避免参与其中。
及时举报：
- 如果员工发现公司正在实施骗取国家补贴的行为，应及时向相关部门举报，以维护国家利益和法治秩序。
寻求法律帮助：
- 如果员工因参与公司骗取国家补贴行为而面临法律追究，应及时寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，积极应对法律程序。
总结：公司骗取国家补贴时，员工是否有罪需根据具体情况判断。如果员工明知并积极参与骗取行为，可能构成共同犯罪；如果员工不知情、未参与或被胁迫参与，则可能不构成犯罪。在处理此类案件时，应综合考虑员工的身份、行为方式、非法占有目的及骗取金额等因素。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。