结论：两辆大车均负次要责任且都有交强险的情况下，对于受伤者5000元的医院费，通常先由两车的交强险在医疗费用赔偿限额内按比例赔付；若赔付后仍有不足，再根据事故责任比例由两车商业险或车主承担剩余部分（本题中5000元未超交强险医疗费用赔偿限额，一般无需启动商业险赔付）。以下是详细分析：

1. 交强险的赔付原则

   • 交强险是一种强制性的责任保险，其赔付原则是不考虑事故责任比例，只要被保险车辆在事故中有责任（无论主要、次要、同等或全部责任），保险公司就会在交强险的赔偿限额内进行赔付。
   • 交强险的医疗费用赔偿限额通常为18000元（具体数额可能因地区和政策调整而有所不同，但本题中5000元未超此限额），用于赔付受害人的医疗费、住院费、住院伙食补助费等。

2. 两车交强险的赔付方式

   • 在本题中，两辆大车均负次要责任，且都有交强险。因此，对于受伤者的5000元医院费，两车的交强险应共同承担。
   • 赔付时，通常按照两车在事故中的责任比例（虽然都是次要责任，但具体比例可能因事故情况而有所不同，若无法确定具体比例，可视为均等责任）来分配交强险的赔付金额。不过，由于交强险的赔付原则是不考虑责任比例（在限额内全额赔付），且5000元未超过单辆车的交强险医疗费用赔偿限额，因此更常见的做法是两车的交强险平均分摊这5000元，即每车赔付2500元。
   • 实际操作中，也可能存在一方交强险先赔付，不足部分再由另一方交强险赔付的情况，但最终结果应是两车交强险共同赔付完这5000元（在限额内）。

3. 若交强险赔付不足的情况

   • 虽然本题中5000元未超过交强险的医疗费用赔偿限额，但为全面解答，仍需说明：若受害人的医疗费用超过了交强险的赔偿限额，那么超出部分应由两车根据事故责任比例来承担。
   • 在本题中，由于两车均负次要责任，因此超出部分应由两车共同承担（具体比例可能因事故情况而有所不同，若无法确定，可视为均等责任），且这部分赔偿通常通过商业险（如第三者责任险）来赔付；若未购买商业险或商业险赔付不足，则由车主自行承担。

建议：在实际操作中，建议受伤者或其家属及时与两车的保险公司联系，提供相关医疗费用单据和事故认定书等材料，以便保险公司尽快进行赔付。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。