当主合同和补充协议发生冲突时，一般应以补充协议为准，但具体还需根据冲突内容、合同签订背景及双方真实意思表示等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、基本原则
补充协议效力优先：
- 补充协议通常是在主合同基础上，针对特定事项或新情况进行的修改、补充或完善。其签订时间往往晚于主合同，反映了双方在新的情况下的最新共识。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致可以变更合同。因此，在补充协议与主合同内容不一致时，通常应以补充协议的约定为准。
查看合同中的特别约定：
- 如果主合同或补充协议中明确规定了冲突解决方式（如“以补充协议为准”或“本合同内容不得通过补充协议进行变更”等），则应优先遵循该约定。
综合考虑多方面因素：
- 若冲突涉及合同核心条款或对当事人权益产生重大影响，需综合考虑合同签订背景、当事人真实意思表示、公平原则及交易习惯等因素。
二、具体情形分析
补充协议对主合同内容的修改：
- 如果补充协议明确修改了主合同中的某些条款，且修改内容合法、真实有效，则应以补充协议为准。例如，主合同中约定了付款方式为一次性付款，而补充协议中改为分期付款，此时应以补充协议中的分期付款为准。
补充协议对主合同内容的补充：
- 如果补充协议仅对主合同中的某些未约定或约定不明确的内容进行补充，而未涉及主合同的其他条款，则主合同中未被补充协议涉及的部分仍然有效。例如，主合同中未约定交付时间，而补充协议中明确了交付时间为某年某月某日，此时仅交付时间以补充协议为准，主合同的其他条款仍然有效。
补充协议无效或可撤销的情形：
- 如果补充协议存在欺诈、胁迫、恶意串通、损害国家/集体/第三人利益、违反法律法规强制性规定等情形，导致补充协议无效或可撤销，则应依据主合同执行。例如，补充协议中约定了违法的内容，如高利贷等，此时补充协议无效，应按照主合同的约定处理争议。
三、处理步骤与建议
认真阅读和理解合同：
- 双方应全面、准确地理解主合同及补充协议的内容，特别是关于冲突解决的条款。
沟通协商：
- 发现冲突后，双方应及时进行沟通，尝试通过解释疑义或请第三方参与协商来达成共识。
寻求法律帮助：
- 若双方无法自行解决冲突，应咨询专业律师（即我本人），获取专业的法律建议和解决方案。
综合考虑多方面因素后重新签订协议或采取法律手段：
- 在充分沟通和协商的基础上，双方可重新签订协议以解决冲突。若仍无法解决，可通过申请仲裁（如有仲裁条款）或向有管辖权的人民法院提起诉讼的方式解决纠纷。
四、注意事项
明确约定冲突解决方式：
- 在签订补充协议时，应明确约定冲突解决方式，以避免后续纠纷。
进行合法性审查：
- 在签订任何协议之前，应进行合法性审查，确保协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益和他人合法权益。
举例说明：假设甲和乙签订了一份房屋买卖合同，约定房价为100万元，一次性付款。后因甲资金周转困难，双方签订补充协议，改为分三期付款。若就付款方式产生争议，应以补充协议中的分期付款为准。但若补充协议中约定了违法的内容，如要求乙支付高额利息等，则该部分内容无效，应按照主合同的约定处理争议。
综上所述，当主合同和补充协议发生冲突时，应以补充协议为准进行处理，但需注意综合考虑各方面因素，并在必要时采取法律手段解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。